| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,298,204 | T→G | 52.1% | intergenic (‑134/+195) | katG ← / ← metF | catalase/hydroperoxidase HPI(I)/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,298,204 | 0 | T | G | 52.1% | 35.0 / 152.2 | 142 | intergenic (‑134/+195) | katG/metF | catalase/hydroperoxidase HPI(I)/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/27); new base G (45/29); total (86/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
GCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCA > minE/2298149‑2298270 | gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:372846/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:318729/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:3001286/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:2820495/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:165891/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:3302755/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:2782432/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:1383082/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:2737476/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:2676439/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:2624113/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:1208436/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:579670/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:2429470/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:2398416/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:93152/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:1089294/1‑69 (MQ=255) aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGATATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:3235029/69‑1 (MQ=255) aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:3029174/69‑1 (MQ=255) aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:1862388/69‑1 (MQ=255) aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:3235491/69‑1 (MQ=255) aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:1372727/69‑1 (MQ=255) aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:822804/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:3190083/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1092003/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2971882/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:3364369/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2697023/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:426738/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:54896/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2547813/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:586713/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2279824/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2266443/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1095968/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:112474/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:220262/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1201120/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1710773/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATAGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2930690/69‑1 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCtt > 1:237511/1‑48 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:291317/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:3181340/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:2917337/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:1878568/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:3150091/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:2276898/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:1683105/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:3311706/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:78054/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:193577/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:2432000/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGag > 1:316266/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2137129/68‑1 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:752109/68‑1 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2121641/68‑1 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGACTTTATGagt > 1:1934716/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGACTTTATGAGTAt < 1:3377873/68‑1 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATAGATCGTAATTAAGCCTTTATGag > 1:2852483/1‑64 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGCTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:2338671/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGa > 1:1994821/1‑51 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:352791/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:3102162/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:346897/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:3000015/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:2999104/1‑68 (MQ=255) gttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCt > 1:1122620/1‑42 (MQ=255) gttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACaa > 1:838569/1‑69 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:43736/1‑50 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:516741/1‑50 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:3165434/1‑50 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAggg < 1:1674912/69‑1 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAggg < 1:2825345/69‑1 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:2400047/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:732005/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:757653/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:984291/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:358403/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:76882/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:2237427/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:1756882/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:3316227/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:1683915/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGttt > 1:3355374/1‑69 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:1783935/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:786144/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:1269840/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:3313620/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:710397/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:2604949/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:2670032/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGCGt > 1:1635373/1‑67 (MQ=255) aaaTTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt < 1:1323962/69‑1 (MQ=255) aaaTTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt < 1:1271510/69‑1 (MQ=255) aaTTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt < 1:3048772/68‑1 (MQ=255) ttGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt < 1:39891/66‑1 (MQ=255) cTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCa < 1:2638267/68‑1 (MQ=255) cTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCa < 1:1426407/68‑1 (MQ=255) cTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCa < 1:2059346/68‑1 (MQ=255) cTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCa < 1:2022597/68‑1 (MQ=255) | GCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCA > minE/2298149‑2298270 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |