| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,298,214 | T→C | 36.9% | intergenic (‑144/+185) | katG ← / ← metF | catalase/hydroperoxidase HPI(I)/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,298,214 | 0 | T | C | 36.9% | 76.0 / 83.5 | 131 | intergenic (‑144/+185) | katG/metF | catalase/hydroperoxidase HPI(I)/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/42); new base C (19/29); total (60/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATCCTTCAAGT > minE/2298149‑2298282 | gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:372846/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:318729/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:3154614/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:3302755/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:1712005/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:2795414/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:1383082/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:2782432/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:2718216/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:2676439/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:1208436/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:579670/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:2624113/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:1107834/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:1089294/1‑69 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCctt > 1:356264/1‑68 (MQ=255)gCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCctt > 1:1648566/1‑68 (MQ=255) aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGATATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:3235029/69‑1 (MQ=255) aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:2891621/69‑1 (MQ=255) aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:139534/69‑1 (MQ=255) aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:211519/69‑1 (MQ=255) aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:2321585/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTaa < 1:476622/69‑2 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1092003/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:3364369/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2971882/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2917673/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:426738/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:54896/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:586713/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:249051/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2279824/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:220262/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1710773/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1790055/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATAGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2930690/69‑1 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCcttt > 1:3326437/1‑60 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:1683105/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:2276898/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:3181340/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:3150091/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:3252759/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:78054/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:2432000/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:291317/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:1943851/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1682841/68‑1 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2137129/68‑1 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2121641/68‑1 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGACTTTATGagt > 1:1934716/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGACTTTATGAGTAt < 1:3377873/68‑1 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGCTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:2338671/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGa > 1:1994821/1‑51 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:352791/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:794380/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:2401551/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:2999104/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:3000015/1‑68 (MQ=255) gttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCt > 1:1122620/1‑42 (MQ=255) gttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACaa > 1:838569/1‑69 (MQ=255) gttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa < 1:1142379/68‑1 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:3165434/1‑50 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:516741/1‑50 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:192198/1‑50 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAggg < 1:2825345/69‑1 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:76882/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:3312150/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:757653/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:732005/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:984291/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:2400047/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:2237427/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:2604949/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:3313620/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:2675150/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:878502/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:1269840/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:1360141/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGCGt > 1:1635373/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAG‑ATTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt > 1:3098031/1‑69 (MQ=255) aaaTTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt < 1:1323962/69‑1 (MQ=255) aaaTTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt < 1:3012876/69‑1 (MQ=255) aaTTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt < 1:3048772/68‑1 (MQ=255) ttGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt < 1:39891/66‑1 (MQ=255) cTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCa < 1:2394484/68‑1 (MQ=255) cTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCa < 1:2638267/68‑1 (MQ=255) cTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCa < 1:73586/68‑1 (MQ=255) cTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCa < 1:2022597/68‑1 (MQ=255) ttaaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:890507/65‑1 (MQ=255) ttaaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:3425265/65‑1 (MQ=255) ttaaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:176778/65‑1 (MQ=255) ttaaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:666983/65‑1 (MQ=255) ttaaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATc < 1:1672565/67‑1 (MQ=255) ttaaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGATTTAGCTTCata < 1:2263095/65‑1 (MQ=255) taaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:1211386/64‑1 (MQ=255) taaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:1871385/64‑1 (MQ=255) taaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:1628507/64‑1 (MQ=255) taaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:180766/64‑1 (MQ=255) aaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATcc > 1:2485180/1‑66 (MQ=255) ttttttGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATCCTTCAAGt < 1:809469/69‑1 (MQ=255) | GCGATAGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATCCTTCAAGT > minE/2298149‑2298282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |