| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,298,218 | T→A | 36.6% | intergenic (‑148/+181) | katG ← / ← metF | catalase/hydroperoxidase HPI(I)/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,298,218 | 0 | T | A | 36.6% | 108.8 / 113.1 | 131 | intergenic (‑148/+181) | katG/metF | catalase/hydroperoxidase HPI(I)/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/42); new base A (19/29); total (60/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
AGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATCCTTCAAGT > minE/2298154‑2298282 | aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCATATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:2624631/69‑1 (MQ=255)aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:3029174/69‑1 (MQ=255)aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:1862388/69‑1 (MQ=255)aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:211519/69‑1 (MQ=255)aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:2321585/69‑1 (MQ=255)aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:2891621/69‑1 (MQ=255)aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:139534/69‑1 (MQ=255)aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:3235491/69‑1 (MQ=255)aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:3396328/69‑1 (MQ=255)aGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGAt < 1:822804/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:3190083/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:3364369/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1095968/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2697023/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:426738/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:249051/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:586713/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2279824/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:220262/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:622482/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1790055/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1225697/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1201120/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:112474/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1092003/69‑1 (MQ=255) tGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATAGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2930690/69‑1 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:2432000/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:566503/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:1683105/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:2276898/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:291317/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:2917337/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:3311706/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:78054/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:2992267/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:3252759/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:3181340/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:1943851/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:3168352/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:3150091/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGagt > 1:1878568/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGag > 1:316266/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:1682841/68‑1 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGCCTTTATGAGTAt < 1:2137129/68‑1 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGACTTTATGagt > 1:1934716/1‑64 (MQ=255) gagaTCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCGTAATTAAGACTTTATGAGTAt < 1:3377873/68‑1 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGCTCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:2338671/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGa > 1:1994821/1‑51 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:3000015/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:2999104/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:2401551/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:352791/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:346897/1‑68 (MQ=255) ttgttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGa > 1:794380/1‑68 (MQ=255) gttgGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACaa > 1:838569/1‑69 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:516741/1‑50 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:192198/1‑50 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:43736/1‑50 (MQ=255) gATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAggg < 1:2825345/69‑1 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:984291/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:76882/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:757653/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:732005/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:3316227/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:358403/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:1756882/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:2237427/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:1683915/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACa > 1:2400047/1‑47 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAggga > 1:2254293/1‑66 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:1360141/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:786144/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:3313620/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:2675150/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:710397/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGt > 1:2604949/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGCGt > 1:1635373/1‑67 (MQ=255) cAAATTGATCTTAATTAAG‑ATTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt > 1:3098031/1‑69 (MQ=255) aaaTTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt < 1:1323962/69‑1 (MQ=255) aaaTTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt < 1:1271510/69‑1 (MQ=255) aaTTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt < 1:3048772/68‑1 (MQ=255) ttGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGtttt < 1:39891/66‑1 (MQ=255) cTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCa < 1:2638267/68‑1 (MQ=255) cTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCa < 1:73586/68‑1 (MQ=255) cTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCa < 1:2059346/68‑1 (MQ=255) cTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCa < 1:1426407/68‑1 (MQ=255) ttaaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:890507/65‑1 (MQ=255) ttaaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:176778/65‑1 (MQ=255) ttaaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATc < 1:847464/67‑1 (MQ=255) ttaaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATc < 1:1672565/67‑1 (MQ=255) ttaaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATc < 1:212810/67‑1 (MQ=255) ttaaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGATTTAGCTTCata < 1:2263095/65‑1 (MQ=255) taaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:1211386/64‑1 (MQ=255) taaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:180766/64‑1 (MQ=255) taaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:1990051/64‑1 (MQ=255) taaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCata < 1:523343/64‑1 (MQ=255) aaGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATcc > 1:2485180/1‑66 (MQ=255) ttttttGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATCCTTCAAGt < 1:2946321/69‑1 (MQ=255) ttttttGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATCCTTCAAGt < 1:1630701/69‑1 (MQ=255) ttttttGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATCCTTCAAGt < 1:2340633/69‑1 (MQ=255) | AGTTGAGATCTTACATATTGTTGGTTAAAGAGATGTAGATCAAATTGATCTTAATTAAGCTTTTTTGATTATGTCCGAATTCGGACAAATGCTTTATAAAAAAGGGTTTTAGCTTCATATCCTTCAAGT > minE/2298154‑2298282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |