| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 26,789 | C→T | 24.4% | G246G (GGC→GGT) | dapB → | dihydrodipicolinate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 26,789 | 0 | C | T | 24.4% | 206.2 / 57.4 | 159 | G246G (GGC→GGT) | dapB | dihydrodipicolinate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/74); new base T (11/28); total (57/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
TATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTAC > minE/26729‑26853 | tatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAg < 1:1023845/69‑1 (MQ=255)tatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAg < 1:625770/69‑1 (MQ=255)tatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAg < 1:933417/69‑1 (MQ=255)tatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAg < 1:911444/69‑1 (MQ=255)tatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAg < 1:3039946/69‑1 (MQ=255)tatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAg < 1:1283440/69‑1 (MQ=255)tatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAg < 1:1807412/69‑1 (MQ=255) atTGGCGAGCGTCTGGAGAGCACCCATAGGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAg < 1:3114387/68‑1 (MQ=255) ttGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAg < 1:585569/67‑1 (MQ=255) ttGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAg < 1:957032/67‑1 (MQ=255) ggCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAg < 1:544300/65‑1 (MQ=255) gCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCATCCAGCCGCATGACATTTGCTAACGGTGCGGTAAGATCGGCttt > 1:649724/1‑69 (MQ=255) gCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCATCCAGCCGCATGACATTTGCTAACGGTGCGGTAAGATCGGCttt > 1:2394793/1‑69 (MQ=255) gCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCATCCAGCCGCATGACATTTGCTAACGGTGCGGTAAGATCGGCttt > 1:2078681/1‑69 (MQ=255) gCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCATCCAGCCGCATGACATTTGCTAACGGTGCGGTAAGATCGGCttt > 1:3213601/1‑69 (MQ=255) gCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCATCCAGCCGCATGACATTTGCTAACGGTGCGGTAAGATCGGCttt > 1:1641716/1‑69 (MQ=255) gCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCATCCAGCCGCATGACATTTGCTAACGGTGCGGTAAGATCGGCttt > 1:325115/1‑69 (MQ=255) gCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCATCCAGCCGCATGACATTTGCTAACGGTGCGGTAAGATCGGCttt > 1:398383/1‑69 (MQ=255) cGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTtg > 1:301965/1‑69 (MQ=255) gaTCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:1025141/67‑1 (MQ=255) gaTCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:3417926/67‑1 (MQ=255) cACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGt > 1:695990/1‑67 (MQ=255) cACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGt > 1:199318/1‑67 (MQ=255) cACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTg > 1:822101/1‑68 (MQ=255) cACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTg > 1:949672/1‑68 (MQ=255) cACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTg > 1:2476564/1‑68 (MQ=255) aaCCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTg > 1:433778/2‑68 (MQ=255) aCCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTgg < 1:1703769/68‑1 (MQ=255) aGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGAt > 1:2882857/1‑42 (MQ=255) aGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAg > 1:3124678/1‑58 (MQ=255) aGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGt > 1:726476/1‑59 (MQ=255) aGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGt > 1:669709/1‑59 (MQ=255) aGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGt > 1:3336888/1‑59 (MQ=255) aGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGt > 1:2666875/1‑59 (MQ=255) aGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGt > 1:1563966/1‑59 (MQ=255) aGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGaaa > 1:2672931/1‑69 (MQ=255) tCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGt < 1:868689/69‑1 (MQ=255) tCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGt < 1:2548044/69‑1 (MQ=255) tCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGt < 1:518962/69‑1 (MQ=255) cGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCttttt < 1:2266760/69‑1 (MQ=255) cGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCttttt < 1:3391758/69‑1 (MQ=255) cGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCttttt < 1:296306/69‑1 (MQ=255) cGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCttttt < 1:3225502/69‑1 (MQ=255) tATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa < 1:2687050/69‑1 (MQ=255) tATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa < 1:1664255/69‑1 (MQ=255) tATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa < 1:2799861/69‑1 (MQ=255) tATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa < 1:2065249/69‑1 (MQ=255) tGACATTTTCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa < 1:1081985/67‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:983906/41‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:2270640/41‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:1098314/41‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:1187382/41‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:1670446/41‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:738274/41‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:1917809/41‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:3093748/41‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:2928325/41‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:604349/41‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTg < 1:712374/41‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGata > 1:3085328/1‑69 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGata > 1:2147069/1‑69 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGata > 1:2200835/1‑69 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGata > 1:2143103/1‑69 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGata > 1:100502/1‑69 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa < 1:207450/67‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa < 1:1943583/67‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa < 1:2713437/67‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa < 1:2633566/67‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa < 1:1322459/67‑1 (MQ=255) tGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa < 1:2249606/67‑1 (MQ=255) tGACATTTGATAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGata > 1:1713032/1‑69 (MQ=255) aCATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGatat > 1:840113/1‑68 (MQ=255) aCATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGatat > 1:2736503/1‑68 (MQ=255) aCATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGatat > 1:1866081/1‑68 (MQ=255) aCATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGatat > 1:2215834/1‑68 (MQ=255) aCATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGatat > 1:2565358/1‑68 (MQ=255) aCATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGatat > 1:2404910/1‑68 (MQ=255) aTTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGatat > 1:1008373/1‑66 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGTTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:395817/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAATGTGGTCtt < 1:1808411/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:244458/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:1088853/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:1091501/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:1097054/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:1164055/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:1229943/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:3346583/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:2482533/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:2843663/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:2870163/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:3170198/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:3272486/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:412105/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:3295797/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGTGGTCtt < 1:361389/50‑1 (MQ=255) aCGGTGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCtt < 1:436742/50‑1 (MQ=255) ggCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTAc < 1:1929511/67‑1 (MQ=255) ggCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTAc < 1:777068/67‑1 (MQ=255) ggCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTAc < 1:2963454/67‑1 (MQ=255) ggCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTAc < 1:1434701/67‑1 (MQ=255) | TATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTAC > minE/26729‑26853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |