| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,312,371 | G→C | 36.9% | R272R (CGG→CGC) | menA → | 1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,312,371 | 0 | G | C | 36.9% | 72.7 / 79.6 | 92 | R272R (CGG→CGC) | menA | 1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/28); new base C (5/29); total (35/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
CTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCT > minE/2312306‑2312439 | cTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa < 1:244762/68‑1 (MQ=255)cTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa < 1:2831948/68‑1 (MQ=255)cTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa < 1:1205960/68‑1 (MQ=255)cTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa < 1:173299/68‑1 (MQ=255)cTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa < 1:72773/68‑1 (MQ=255) gggCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGa > 1:298891/1‑69 (MQ=255) ctggctgTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGAccc > 1:2090738/1‑69 (MQ=255) ctggctgTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGAccc > 1:1579331/1‑69 (MQ=255) ccTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGa > 1:3299865/1‑68 (MQ=255) ccTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGa > 1:768556/1‑68 (MQ=255) ccTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGAt > 1:2243209/1‑69 (MQ=255) ccTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGAt > 1:377456/1‑69 (MQ=255) aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa < 1:2383971/39‑1 (MQ=255) aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa < 1:1553170/39‑1 (MQ=255) aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa < 1:1190978/39‑1 (MQ=255) aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa < 1:1038816/39‑1 (MQ=255) aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGc > 1:1416556/1‑68 (MQ=255) aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGc > 1:73361/1‑68 (MQ=255) aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGc > 1:540288/1‑68 (MQ=255) aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGc > 1:76266/1‑68 (MQ=255) aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGc > 1:1190317/1‑68 (MQ=255) aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCCACCAATGc > 1:2664504/1‑68 (MQ=255) aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCCGGa < 1:3357038/39‑1 (MQ=255) aTTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGa > 1:1815978/1‑69 (MQ=255) aTTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGa > 1:3305147/1‑69 (MQ=255) aTTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGa > 1:2158556/1‑69 (MQ=255) aTTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGa > 1:2162395/1‑69 (MQ=255) tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCTGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:280314/68‑1 (MQ=255) tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCTGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:276324/68‑1 (MQ=255) tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:2615744/68‑1 (MQ=255) tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:2652246/68‑1 (MQ=255) tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:775703/68‑1 (MQ=255) tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:2446551/68‑1 (MQ=255) tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:1273600/68‑1 (MQ=255) tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:505082/68‑1 (MQ=255) tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:1604530/68‑1 (MQ=255) ggTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:2839444/67‑1 (MQ=255) aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg > 1:894753/1‑67 (MQ=255) aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg > 1:794946/1‑67 (MQ=255) aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg > 1:3381423/1‑67 (MQ=255) aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg > 1:1065705/1‑67 (MQ=255) aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg > 1:1197333/1‑67 (MQ=255) aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg > 1:2058687/1‑67 (MQ=255) caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa > 1:307012/1‑68 (MQ=255) caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa > 1:1897667/1‑68 (MQ=255) caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa > 1:1900838/1‑68 (MQ=255) caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCa > 1:743191/1‑67 (MQ=255) caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCAGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa > 1:2217961/1‑68 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:2322101/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:2303027/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:120923/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:1231152/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:416609/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:3418069/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:3218482/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:2070946/69‑1 (MQ=255) aTGTGATGCTGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa > 1:182938/1‑68 (MQ=255) aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa > 1:2942294/1‑68 (MQ=255) aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa > 1:1752914/1‑68 (MQ=255) aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa > 1:1847635/1‑68 (MQ=255) aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa > 1:2522115/1‑68 (MQ=255) aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa > 1:24484/1‑68 (MQ=255) aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa > 1:898174/1‑68 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1116615/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:2572694/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:225037/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1289528/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1456430/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:609540/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:569646/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:262153/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1501989/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:512902/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1618322/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:464496/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:45277/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1712837/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:2029107/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:2989521/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:3002096/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:2712316/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:3112992/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:2658575/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:3254787/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:2381579/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:3353896/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1778580/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:3401484/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:2637201/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:35716/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1957763/58‑1 (MQ=255) gATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:654931/54‑1 (MQ=255) ggAAATGGACCCGGTGGCTATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACct > 1:904673/1‑69 (MQ=255) ggAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACct > 1:1261168/1‑69 (MQ=255) | CTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCT > minE/2312306‑2312439 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |