| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,312,410 | T→C | 29.5% | R285R (CGT→CGC) | menA → | 1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,312,410 | 0 | T | C | 29.5% | 111.0 / 54.1 | 115 | R285R (CGT→CGC) | menA | 1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/39); new base C (5/29); total (47/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAG > minE/2312343‑2312470 | tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCTGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:280314/68‑1 (MQ=255)tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:2446551/68‑1 (MQ=255)tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:2615744/68‑1 (MQ=255)tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:2652246/68‑1 (MQ=255)tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:775703/68‑1 (MQ=255)tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:1273600/68‑1 (MQ=255)tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:1604530/68‑1 (MQ=255)tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:505082/68‑1 (MQ=255) ggTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt < 1:2839444/67‑1 (MQ=255) aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg > 1:1065705/1‑67 (MQ=255) aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg > 1:2058687/1‑67 (MQ=255) aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg > 1:3381423/1‑67 (MQ=255) aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg > 1:894753/1‑67 (MQ=255) aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg > 1:794946/1‑67 (MQ=255) aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg > 1:1197333/1‑67 (MQ=255) caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa > 1:307012/1‑68 (MQ=255) caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa > 1:1900838/1‑68 (MQ=255) caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa > 1:1897667/1‑68 (MQ=255) caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCAGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa > 1:2217961/1‑68 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:2322101/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:416609/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:3418069/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:2303027/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:3218482/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:1231152/69‑1 (MQ=255) gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:120923/69‑1 (MQ=255) aTGTGATGCTGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa > 1:182938/1‑68 (MQ=255) aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa > 1:1847635/1‑68 (MQ=255) aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa > 1:2942294/1‑68 (MQ=255) aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa > 1:2522115/1‑68 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:464496/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:2712316/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:3002096/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:2637201/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:262153/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:569646/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:3254787/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:512902/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1116615/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:3401484/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:45277/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1957763/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1778580/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1456430/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1712837/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1289528/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1618322/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:2029107/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:1501989/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:225037/58‑1 (MQ=255) aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:2381579/58‑1 (MQ=255) gATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa < 1:654931/54‑1 (MQ=255) ggAAATGGACCCGGTGGCTATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACct > 1:904673/1‑69 (MQ=255) ggTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGtttt < 1:1144352/69‑1 (MQ=255) ggTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGtttt < 1:1498223/69‑1 (MQ=255) gTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTa > 1:952735/1‑52 (MQ=255) gTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTa > 1:3134377/1‑69 (MQ=255) gTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTa > 1:3132410/1‑69 (MQ=255) gTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTa > 1:2866577/1‑69 (MQ=255) gTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTa > 1:1393316/1‑69 (MQ=255) gTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTa > 1:2669139/1‑69 (MQ=255) gTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTa > 1:2516925/1‑69 (MQ=255) gTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGGTTTa > 1:1397259/1‑69 (MQ=255) gCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt < 1:3114575/40‑1 (MQ=255) gATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:1406837/68‑1 (MQ=255) gATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:371164/68‑1 (MQ=255) gATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:3404889/68‑1 (MQ=255) gATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:1304046/68‑1 (MQ=255) gATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:3338028/68‑1 (MQ=255) gATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:1198633/68‑1 (MQ=255) gATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:2387356/68‑1 (MQ=255) gATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:1724233/68‑1 (MQ=255) gATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:2910204/68‑1 (MQ=255) gATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:2037797/68‑1 (MQ=255) gATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:2810322/68‑1 (MQ=255) gATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:2528978/68‑1 (MQ=255) aTGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGata < 1:3188163/69‑1 (MQ=255) aTGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGata < 1:514373/69‑1 (MQ=255) aTGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGata < 1:1133171/69‑1 (MQ=255) aTGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGata < 1:1920587/69‑1 (MQ=255) aTGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGata < 1:1493382/69‑1 (MQ=255) aTGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGata < 1:2922717/69‑1 (MQ=255) aTGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:893534/67‑1 (MQ=255) gCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACt > 1:686352/1‑39 (MQ=255) gCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACt > 1:3083413/1‑39 (MQ=255) gCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACt > 1:3248845/1‑39 (MQ=255) gCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACt > 1:1286054/1‑39 (MQ=255) gCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACt > 1:634830/1‑39 (MQ=255) gCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACt > 1:1925026/1‑39 (MQ=255) aCCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGTCTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTc > 1:979725/1‑67 (MQ=255) aCCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAAcc > 1:2206476/1‑44 (MQ=255) aCCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTc > 1:2750798/1‑67 (MQ=255) aCCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTc > 1:2457143/1‑67 (MQ=255) cAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGa < 1:1821535/60‑1 (MQ=255) cTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAg > 1:739977/1‑69 (MQ=255) cTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAg > 1:2758739/1‑69 (MQ=255) cTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAg > 1:2903696/1‑69 (MQ=255) cTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAg > 1:3111706/1‑69 (MQ=255) cTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAg > 1:957895/1‑69 (MQ=255) cTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAg > 1:1539255/1‑69 (MQ=255) | TGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCTGCTGTTTGTTTTAGGGATATTCCTAAGCCAG > minE/2312343‑2312470 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |