| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,317,745 | C→G | 32.4% | H105D (CAC→GAC) ‡ | fpr → | ferredoxin‑NADP reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,317,745 | 0 | C | G | 32.4% | 76.3 / 50.4 | 71 | H105D (CAC→GAC) ‡ | fpr | ferredoxin‑NADP reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/21); new base G (14/9); total (41/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAACCAGGCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGATTCTGC > minE/2317678‑2317808 | gAAACCAGGCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCa > 1:2523455/1‑69 (MQ=255)gAAACCAGGCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCa > 1:3197309/1‑69 (MQ=255)gAAACCAGGCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCa > 1:2512713/1‑69 (MQ=255)gAAACCAGGCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCa > 1:2288971/1‑69 (MQ=255)gAAACCAGGCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCa > 1:3436494/1‑69 (MQ=255)gAAACCAGGCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCa > 1:1135383/1‑69 (MQ=255)gAAACCAGGCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCa > 1:274144/1‑69 (MQ=255) gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:3264720/68‑1 (MQ=255) gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:710110/68‑1 (MQ=255) gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:733926/68‑1 (MQ=255) gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:1901447/68‑1 (MQ=255) gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:1846819/68‑1 (MQ=255) gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:3041359/68‑1 (MQ=255) gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:1247931/68‑1 (MQ=255) gggCGATGAAGTGCAGGTGGCTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:75047/68‑1 (MQ=255) ggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:2523764/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAAc > 1:1876560/1‑69 (MQ=255) cGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAAc > 1:2039964/1‑69 (MQ=255) tGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCt < 1:1563802/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCt < 1:1503807/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCt < 1:2608089/69‑1 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCt < 1:281793/68‑1 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCt < 1:2450978/68‑1 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTa > 1:3365108/1‑69 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTa > 1:364650/1‑69 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTa > 1:2511380/1‑69 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTa > 1:456524/1‑69 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTa > 1:2674626/1‑69 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTa > 1:1930428/1‑69 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTa > 1:3425166/1‑69 (MQ=255) aGGTGGTTAGCGTAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCt < 1:1818690/61‑1 (MQ=255) gtggtTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCta > 1:1239779/1‑68 (MQ=255) tAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAAc > 1:886427/1‑69 (MQ=255) ggCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc < 1:2698514/69‑1 (MQ=255) ggCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc < 1:1149380/69‑1 (MQ=255) ggCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc < 1:387247/69‑1 (MQ=255) ggCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc < 1:1559431/69‑1 (MQ=255) aGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATg < 1:1499135/45‑1 (MQ=255) aTTCTTTGTGCTCTATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTgg > 1:2514598/1‑69 (MQ=255) aTTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCgg < 1:2548180/57‑1 (MQ=255) aTTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCgg < 1:742300/57‑1 (MQ=255) aTTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCgg < 1:1919447/57‑1 (MQ=255) cTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCg > 1:2567601/1‑61 (MQ=255) cTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCg > 1:1894838/1‑61 (MQ=255) cTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCg > 1:1291963/1‑61 (MQ=255) cTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCg > 1:1279938/1‑61 (MQ=255) cTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCg > 1:1231440/1‑61 (MQ=255) cTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCg > 1:3299844/1‑61 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:384262/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:626789/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:926004/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:1548701/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:3014651/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2807122/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2731928/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2542460/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2452583/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2401939/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:1932162/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2240108/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2136621/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2021070/1‑58 (MQ=255) tGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGAt < 1:612112/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGAt < 1:1785803/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGAt < 1:794440/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGAt < 1:2040007/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGAt < 1:3229167/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGAt < 1:2540946/69‑1 (MQ=255) gAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCg > 1:331682/1‑66 (MQ=255) tGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGATTCTGc > 1:898856/1‑69 (MQ=255) gCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc < 1:452083/42‑1 (MQ=255) | GAAACCAGGCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGATTCTGC > minE/2317678‑2317808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |