| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,317,747 | C→T | 35.8% | H105H (CAC→CAT) ‡ | fpr → | ferredoxin‑NADP reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,317,747 | 0 | C | T | 35.8% | 42.0 / 36.1 | 64 | H105H (CAC→CAT) ‡ | fpr | ferredoxin‑NADP reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/21); new base T (14/9); total (34/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGATTCTGC > minE/2317684‑2317808 | gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:733926/68‑1 (MQ=255)gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:3264720/68‑1 (MQ=255)gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:3041359/68‑1 (MQ=255)gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:710110/68‑1 (MQ=255)gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:1901447/68‑1 (MQ=255)gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:1846819/68‑1 (MQ=255)gggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:1247931/68‑1 (MQ=255)gggCGATGAAGTGCAGGTGGCTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:75047/68‑1 (MQ=255) ggCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCCGCTGGCTTCTTTGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGa < 1:2523764/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAAc > 1:1876560/1‑69 (MQ=255) cGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAAc > 1:2039964/1‑69 (MQ=255) tGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCt < 1:1503807/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCt < 1:1563802/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCt < 1:2608089/69‑1 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCt < 1:281793/68‑1 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCt < 1:2450978/68‑1 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTa > 1:456524/1‑69 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTa > 1:3365108/1‑69 (MQ=255) gAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTa > 1:3425166/1‑69 (MQ=255) 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cTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCg > 1:1231440/1‑61 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:384262/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:626789/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:926004/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:3014651/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:1548701/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:1932162/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2021070/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2136621/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2240108/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2401939/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2452583/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2542460/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2731928/1‑58 (MQ=255) ttGTGCTGGATGAAGTACCAGATTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc > 1:2807122/1‑58 (MQ=255) tGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGAt < 1:2540946/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGAt < 1:612112/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGAt < 1:2040007/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGAt < 1:794440/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGAt < 1:1785803/69‑1 (MQ=255) tGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGAt < 1:3229167/69‑1 (MQ=255) gAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCg > 1:331682/1‑66 (MQ=255) tGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGATTCTGc > 1:898856/1‑69 (MQ=255) gCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGc < 1:452083/42‑1 (MQ=255) | AGGCGATGAAGTGCAGGTGGTTAGCGAAGCGGCAGGATTCTTTGTGCTCGATGAAGTGCCGCACTGCGAAACGCTATGGATGCTGGCAACCGGTACAGCGATTGGCCCTTATTTATCGATTCTGC > minE/2317684‑2317808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |