| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,323,123 | A→G | 13.3% | intergenic (‑52/+268) | sbp ← / ← pfkA | sulfate transporter subunit/6‑phosphofructokinase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,323,123 | 0 | A | G | 13.3% | 130.4 / 8.5 | 74 | intergenic (‑52/+268) | sbp/pfkA | sulfate transporter subunit/6‑phosphofructokinase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/29); new base G (4/6); total (39/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCCCACTTGTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAGGGATTAAA > minE/2323057‑2323186 | gCCCCACTTGTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTaa > 1:2028213/1‑68 (MQ=255) cccACTTTTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTGACCa > 1:417765/1‑69 (MQ=255) cccACTTTTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTGACCa > 1:3250772/1‑69 (MQ=255) cccACTTTTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTGACCa > 1:313977/1‑69 (MQ=255) cccACTTTTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTGACCa > 1:1442966/1‑69 (MQ=255) ccACTTTTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTGACCaa < 1:525650/69‑1 (MQ=255) cACTTTTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTGACCaa < 1:1945149/68‑1 (MQ=255) cACTTTTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTGACCaa < 1:1274252/68‑1 (MQ=255) cACTTTTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTGACCaa < 1:953307/68‑1 (MQ=255) cACTTTTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTGACCaa < 1:1771101/68‑1 (MQ=255) cACTTTTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTGACCaa < 1:1957044/68‑1 (MQ=255) tGTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACAt > 1:1890703/1‑68 (MQ=255) tGTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACAt > 1:1201015/1‑68 (MQ=255) ctctctTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATaaaaaaa < 1:1894930/69‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCaaa > 1:2182730/1‑44 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCaaa > 1:2667105/1‑44 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCaaa > 1:2692138/1‑44 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCaaa > 1:553842/1‑44 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCaaa > 1:963987/1‑44 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCaaa > 1:1140237/1‑44 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCaaa > 1:824425/1‑44 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCaaa > 1:839465/1‑44 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCaaa > 1:124065/1‑44 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTgg > 1:2718277/1‑68 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGc > 1:889143/1‑69 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGc > 1:2660943/1‑69 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGc > 1:601169/1‑69 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGc > 1:2761496/1‑69 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGc > 1:2976440/1‑69 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGc > 1:632936/1‑69 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGc > 1:649963/1‑69 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGc > 1:509476/1‑69 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGc > 1:670720/1‑69 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTGATGAGAAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCaaa > 1:1797871/1‑44 (MQ=255) gaGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGta < 1:145268/69‑1 (MQ=255) gaGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGta < 1:505803/69‑1 (MQ=255) aGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGtat > 1:1121323/1‑69 (MQ=255) aGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGta > 1:2857390/1‑68 (MQ=255) aGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGta > 1:3001673/1‑68 (MQ=255) gCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCtat < 1:696378/55‑1 (MQ=255) gCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCtat < 1:2482794/55‑1 (MQ=255) gCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCtat < 1:2460477/55‑1 (MQ=255) gCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCtat < 1:2404989/55‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTg > 1:1462060/1‑69 (MQ=255) gCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTg > 1:1600024/1‑69 (MQ=255) gCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGTGTATATGTTGAggg < 1:2753682/69‑1 (MQ=255) gCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg < 1:499443/69‑1 (MQ=255) gCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg < 1:3172134/69‑1 (MQ=255) gCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg < 1:3050953/69‑1 (MQ=255) gCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg < 1:298401/69‑1 (MQ=255) gCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg < 1:204435/69‑1 (MQ=255) gCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg < 1:1882759/69‑1 (MQ=255) gCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg < 1:770359/69‑1 (MQ=255) ccAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg < 1:2227809/68‑1 (MQ=255) aGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAGGGATTaaa < 1:2167245/69‑1 (MQ=255) aGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAGGGATTaaa < 1:1470745/69‑1 (MQ=255) aGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAGGGATTaaa < 1:1481988/69‑1 (MQ=255) aGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAGGGATTaaa < 1:680798/69‑1 (MQ=255) aGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAGGGATTaaa < 1:2758082/69‑1 (MQ=255) tAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg > 1:3359363/1‑59 (MQ=255) tAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg > 1:2338080/1‑59 (MQ=255) tAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg > 1:1447499/1‑59 (MQ=255) tAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg > 1:3316154/1‑59 (MQ=255) tAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAggg > 1:995147/1‑59 (MQ=255) | GCCCCACTTGTTCATCGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAAAGAATAAAAAAAGATTGGCTATAACTTGCGGGTATATGTTGAGGGATTAAA > minE/2323057‑2323186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |