| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,326,771 | A→G | 36.3% | E179E (GAA→GAG) | cpxR → | DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with CpxA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,326,771 | 0 | A | G | 36.3% | 51.9 / 54.0 | 88 | E179E (GAA→GAG) | cpxR | DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with CpxA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/31); new base G (5/27); total (30/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.40e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TTAACCGGTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTAAGCCAGGAAGTGTTGGGCAAACGCCTGACGCCTTTCGACCGCGCTATTGATATGCACATT > minE/2326703‑2326837 | ttAACCGGTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGaa < 1:57328/69‑1 (MQ=255)ttAACCGGTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGaa < 1:2920494/69‑1 (MQ=255)ttAACCGGTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGaa < 1:444546/69‑1 (MQ=255)ttAACCGGTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGaa < 1:2415410/69‑1 (MQ=255)ttAACCGGTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGaa < 1:2306138/69‑1 (MQ=255)ttAACCGGTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGaa < 1:2301370/69‑1 (MQ=255)ttAACCGGTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGaa < 1:213812/69‑1 (MQ=255)ttAACCGGTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGaa < 1:1562926/69‑1 (MQ=255)ttAACCGGTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGaa < 1:1171099/69‑1 (MQ=255) ggTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTa < 1:2383876/69‑1 (MQ=255) ggTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTa < 1:825290/69‑1 (MQ=255) ggTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTa < 1:813523/69‑1 (MQ=255) ggTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTa < 1:3135327/69‑1 (MQ=255) ggTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTa < 1:1044450/69‑1 (MQ=255) ggTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTa < 1:2634273/69‑1 (MQ=255) ggTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTa < 1:3400870/69‑1 (MQ=255) ggTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTa < 1:1689032/69‑1 (MQ=255) ggTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGGTTCCCGTGAGCATTTa < 1:1202869/69‑1 (MQ=255) ggTACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTCCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTa < 1:3107657/69‑1 (MQ=255) tACTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTa < 1:84930/67‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTAAGcc > 1:2361162/1‑69 (MQ=255) tttACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTAAGCCAGGaa > 1:1308173/1‑69 (MQ=255) tttACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTAAGCCAGGaa > 1:1417882/1‑69 (MQ=255) tttACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTAAGCCAGGaa > 1:1527732/1‑69 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGGACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGcc < 1:1295560/62‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGcc < 1:1746602/62‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGcc < 1:1784647/62‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGcc < 1:857598/62‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGcc < 1:2936990/62‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGcc < 1:1130858/62‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGcc < 1:3312062/62‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGcc < 1:657828/62‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGcc < 1:864108/62‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGcc < 1:2660711/62‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGcc < 1:2842216/62‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGCCAGGAAgt > 1:1739191/1‑69 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGCCAGGAAgt > 1:2905464/1‑69 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGCCAGGAAgt > 1:481259/1‑69 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGCCAGGAAgt > 1:1908608/1‑69 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGCCAGGAAgt > 1:1850367/1‑69 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTAAGCCAGGAAgt > 1:2014413/1‑69 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTAAGCCAGGAAgt < 1:2191013/69‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTAAGCCAGGAAgt > 1:1849651/1‑69 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTAAGCCAGGAAgt > 1:279831/1‑69 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTAAGCCAGGAAgt > 1:57699/1‑69 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGT‑AGCATTTAAGcc < 1:2105794/61‑1 (MQ=255) tACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGT‑AGCATTTAAGcc < 1:2101847/61‑1 (MQ=255) tACCCTGATCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAGCATTTAAGcc < 1:181988/62‑1 (MQ=255) cTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACAt > 1:2774429/1‑51 (MQ=255) cTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTAAGCCAGGAAGTGtt > 1:2526568/1‑68 (MQ=255) cTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTAAGCCAGGAAGTGTTg > 1:530222/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |