| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,331,109 | A→G | 47.8% | intergenic (‑14/+416) | sodA ← / ← fdhD | superoxide dismutase, Mn/formate dehydrogenase formation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,331,109 | 0 | A | G | 47.8% | 2.7 / 100.7 | 111 | intergenic (‑14/+416) | sodA/fdhD | superoxide dismutase, Mn/formate dehydrogenase formation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/21); new base G (19/34); total (56/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CCAGGGCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAGGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGGGCGGCCGATTGTTAATGCCGCGTAAGCAGTTGGTTCATTATAGTTAATTAAATGATA > minE/2331050‑2331173 | ccAGGGCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAAGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGggc < 1:3380704/69‑1 (MQ=255)ccAGGGCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAAGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGggc < 1:1541837/69‑1 (MQ=255)ccAGGGCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAAGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGggc < 1:1830863/69‑1 (MQ=255)ccAGGGCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAAGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGggc < 1:1856131/69‑1 (MQ=255)ccAGGGCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAAGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGggc < 1:1459718/69‑1 (MQ=255)ccAGGGCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAAGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGggc < 1:1458989/69‑1 (MQ=255)ccAGGGCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAAGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGggc < 1:3227788/69‑1 (MQ=255)ccAGGGCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAAGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGggc < 1:3340090/69‑1 (MQ=255)ccAGGGCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAAGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGggc < 1:1204072/69‑1 (MQ=255)ccAGGGCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAAGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGggc < 1:649454/69‑1 (MQ=255) gCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAGGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGGGCGGCCg > 1:1196369/1‑69 (MQ=255) gCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAGGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGGGCGGCCg > 1:2842481/1‑69 (MQ=255) gCATCGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAGGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGGGCGGCCg > 1:2395585/1‑69 (MQ=255) cGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAGGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGGGCGGCCGAtt > 1:1226733/1‑68 (MQ=255) cGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAGGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGGGCGGCCGAtt > 1:348777/1‑68 (MQ=255) cGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAGGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGGGCGGCCGAtt > 1:540/1‑68 (MQ=255) cGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAGGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGGGCGGCCGAtt > 1:1130239/1‑68 (MQ=255) cGTAAGCATACGGCAGGGATGGCAGGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGGGCGGCCGAtt > 1:1459902/1‑68 (MQ=255) aGCATACGGCAGGGATGGCAGGGTATAGCTCATATTCATCTCCAGTATTGTCGGGCGGCCGATTGtt > 1:958704/1‑67 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |