| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,337,772 | G→T | 29.8% | G209G (GGG→GGT) | fdhE → | formate dehydrogenase formation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,337,772 | 0 | G | T | 29.8% | 118.0 / 40.3 | 83 | G209G (GGG→GGT) | fdhE | formate dehydrogenase formation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/28); new base T (8/17); total (38/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAATATTGCCCGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTGCGCGTAAAATGCAGC > minE/2337707‑2337835 | cAATATTGCCCGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTa < 1:138693/69‑1 (MQ=255)cAATATTGCCCGGTATGTGGCTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGTCtg > 1:100675/1‑68 (MQ=255)cAATATTGCCCGGTATGTGGCTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGTCtg > 1:3422184/1‑68 (MQ=255)cAATATTGCCCGGTATGTGGCTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGTCtg > 1:2340799/1‑68 (MQ=255)cAATATTGCCCGGTATGTGGCTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGTCtg > 1:43993/1‑68 (MQ=255)cAATATTGCCCGGTATGTGGCTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGTCtg > 1:502787/1‑68 (MQ=255)cAATATTGCCCGGTATGTGGCTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGTCtg > 1:839194/1‑68 (MQ=255)cAATATTGCCCGGTATGTGGCTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGTCtg > 1:127936/1‑68 (MQ=255) aaTATTGCCCGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTAc > 1:1816969/1‑69 (MQ=255) aaTATTGCCCGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTAc > 1:3355910/1‑69 (MQ=255) aaTATTGCCCGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTAc > 1:38208/1‑69 (MQ=255) aaTATTGCCCGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTAc > 1:914929/1‑69 (MQ=255) aaTATTGCCCGGTATGTGGCTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGTCtgc > 1:714726/1‑67 (MQ=255) ttGCCCGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTa > 1:2662763/1‑69 (MQ=255) ttGCCCGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTa > 1:2022005/1‑69 (MQ=255) ttGCCCGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTa > 1:3023097/1‑69 (MQ=255) ttGCCCGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTa > 1:71914/1‑69 (MQ=255) cGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACctg < 1:1752801/68‑1 (MQ=255) cGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACctg < 1:2965231/68‑1 (MQ=255) tgtCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTg < 1:3087181/69‑1 (MQ=255) tgtCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTg < 1:901763/69‑1 (MQ=255) gtCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGa < 1:77430/69‑1 (MQ=255) gtCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGa < 1:1937637/69‑1 (MQ=255) gtCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGa < 1:3396218/69‑1 (MQ=255) gtCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGa < 1:837194/69‑1 (MQ=255) gtCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGa < 1:1128819/69‑1 (MQ=255) gtCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGa < 1:1346249/69‑1 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:3118303/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:3096336/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:2659923/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:2815347/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:2844858/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:3183878/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:300481/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:2309190/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:1378484/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:1564681/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:1745837/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:831655/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:718474/1‑69 (MQ=255) tCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGaa > 1:2526032/1‑69 (MQ=255) cAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGa < 1:1483065/66‑1 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCa > 1:2800613/1‑67 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCa > 1:747610/1‑67 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCa > 1:2816259/1‑67 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCa > 1:2133982/1‑67 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCa > 1:1551458/1‑67 (MQ=255) ggTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGt < 1:3380340/69‑1 (MQ=255) ggTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGt < 1:3334246/69‑1 (MQ=255) ggTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGt < 1:589766/69‑1 (MQ=255) ggTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGt < 1:985358/69‑1 (MQ=255) ggTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGt < 1:989629/69‑1 (MQ=255) ggTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGt < 1:1058702/69‑1 (MQ=255) ggTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGt < 1:1387295/69‑1 (MQ=255) gTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGa < 1:2346550/53‑1 (MQ=255) gTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGa < 1:75362/53‑1 (MQ=255) gTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGa < 1:2013130/53‑1 (MQ=255) gTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGa < 1:558947/53‑1 (MQ=255) tGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCtgtgtca < 1:1698488/52‑3 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:2944584/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:1670749/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:1814714/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:1829512/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:1868677/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:1984703/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:2092727/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:2620147/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:3171380/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:2878978/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:2698828/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:3367416/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:2698316/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:56520/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:2250502/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:405874/68‑1 (MQ=255) aaTTGGCACCACTCAGGGTCTGCGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTgc < 1:2152175/68‑1 (MQ=255) ggaaccacTCAGGGGCTACGTTACCTGGACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTGcgcg > 1:424898/4‑67 (MQ=255) ggCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTGCGCGt > 1:2147692/1‑68 (MQ=255) ggCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTGCGCGt > 1:117294/1‑68 (MQ=255) cAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTGCGCGTAAAATgcagc < 1:751799/69‑1 (MQ=255) cAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTGCGCGTAAAATgcagc < 1:805578/69‑1 (MQ=255) cAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTGCGCGTAAAATgcagc < 1:1776293/69‑1 (MQ=255) cAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTGCGCGTAAAATgcagc < 1:212485/69‑1 (MQ=255) | CAATATTGCCCGGTTTGTGGTTCTATGCCGGTGTCCAGCATGGTGCAAATTGGCACCACTCAGGGGCTACGTTACCTGCACTGCAACCTGTGTGAAACTGAATGGCACGTAGTGCGCGTAAAATGCAGC > minE/2337707‑2337835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |