| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,349,443 | C→A | 45.7% | R735R (CGG→CGT) | polA ← | fused DNA polymerase I 5'‑>3' exonuclease, 3'‑>5' polymerase and 3'‑>5' exonuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,349,443 | 0 | C | A | 45.7% | 21.0 / 70.0 | 70 | R735R (CGG→CGT) | polA | fused DNA polymerase I 5'‑>3' exonuclease, 3'‑>5' polymerase and 3'‑>5' exonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/14); new base A (14/18); total (38/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.48e-01 | |||||||||||
ACGGCGTTGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGATGCGCCAT > minE/2349383‑2349508 | aCGGCGTTGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGat < 1:948419/69‑1 (MQ=255)aCGGCGTTGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGat < 1:436052/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:995347/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:2910007/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:3105168/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:2056104/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:3347309/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:42473/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:433680/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:1811799/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:1776876/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:445402/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:531195/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:982133/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:580691/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:975850/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:1240321/69‑1 (MQ=255) ttGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:1482862/69‑1 (MQ=255) gCTCGCTGGTGAGGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTttc > 1:1862457/1‑69 (MQ=255) gCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTttc > 1:2755007/1‑69 (MQ=255) gCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTttc > 1:2560913/1‑69 (MQ=255) gCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTttc > 1:436840/1‑69 (MQ=255) gACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGaa < 1:1748792/69‑1 (MQ=255) gACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGaa < 1:2211873/69‑1 (MQ=255) gACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGaa < 1:226136/69‑1 (MQ=255) aCGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAAt > 1:1362508/1‑69 (MQ=255) aCGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAAt > 1:1740570/1‑69 (MQ=255) aCGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAAt > 1:1687976/1‑69 (MQ=255) aCGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAAt > 1:2148726/1‑69 (MQ=255) aCGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAAt > 1:3186143/1‑69 (MQ=255) aCGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:1836148/56‑1 (MQ=255) ttCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCg > 1:2702786/1‑67 (MQ=255) ttCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCg > 1:2822775/1‑67 (MQ=255) ttCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCg > 1:2521640/1‑67 (MQ=255) ttCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCg > 1:3274208/1‑67 (MQ=255) ttCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCg > 1:703273/1‑67 (MQ=255) cAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCACGGTGGATATCttt < 1:696293/48‑1 (MQ=255) cacTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAc > 1:2603208/1‑68 (MQ=255) cacTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAc > 1:957891/1‑68 (MQ=255) cacTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAc > 1:2741262/1‑68 (MQ=255) cacTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAc > 1:1506909/1‑68 (MQ=255) cacTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAACCCTTTGTCa > 1:1116076/1‑67 (MQ=255) ccgccgccGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGa > 1:2477695/3‑67 (MQ=255) cTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGa > 1:2627221/1‑67 (MQ=255) cTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGa > 1:1145680/1‑67 (MQ=255) cTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGa > 1:1159720/1‑67 (MQ=255) cTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGa > 1:2058578/1‑67 (MQ=255) gccgTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGa < 1:2821662/66‑1 (MQ=255) gccgTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGa < 1:1117418/66‑1 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcgc > 1:552600/1‑57 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcgc > 1:1177124/1‑57 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcgc > 1:881915/1‑57 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcgc > 1:1312398/1‑57 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcgc > 1:622544/1‑57 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcgc > 1:59803/1‑57 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcgc > 1:589746/1‑57 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcgc > 1:3110942/1‑57 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcgc > 1:1432328/1‑57 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcgc > 1:3094171/1‑57 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcgc > 1:1641238/1‑57 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcgc > 1:1961999/1‑57 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcga > 1:2395645/1‑56 (MQ=255) gTTGCACGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCAcg > 1:1937065/1‑56 (MQ=255) ttcccGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGATGCGCCAt < 1:365616/67‑1 (MQ=255) tGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGATGCGCCAt < 1:1590853/69‑1 (MQ=255) tGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGATGCGCCAt < 1:1380547/69‑1 (MQ=255) tGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGATGCGCCAt < 1:1300095/69‑1 (MQ=255) tGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGATGCGCCAt < 1:3318757/69‑1 (MQ=255) tGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGATGCGCCAt < 1:2949799/69‑1 (MQ=255) tGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGATGCGCCAt < 1:106486/69‑1 (MQ=255) tGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGATGCGCCAt < 1:2264545/69‑1 (MQ=255) ccGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGa < 1:192442/58‑1 (MQ=255) | ACGGCGTTGCTCGCTGGTGACGGTTTCCAGTGGCAAACCAAACACTTCTGCCGCCGTTGCCCGGTGGATATCTTTTCCTTCCGCGAATGCGGTCAGCAAGCCTTTGTCACGCGAAAGATGCGCCAT > minE/2349383‑2349508 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |