| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,356,754 | C→T | 40.5% | L47L (CTC→CTT) | mobA → | molybdopterin‑guanine dinucleotide synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,356,754 | 0 | C | T | 40.5% | 65.5 / 97.3 | 138 | L47L (CTC→CTT) | mobA | molybdopterin‑guanine dinucleotide synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/49); new base T (14/42); total (47/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
AAAGGATTGCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCGGTCTGAAAGTGATTG > minE/2356686‑2356821 | aaaGGATTGCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGctc > 1:1994199/1‑69 (MQ=255)aaaGGATTGCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGctc > 1:2945460/1‑69 (MQ=255)aaaGGATTGCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGctc > 1:143287/1‑69 (MQ=255) aaGGATTGCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGctct > 1:1681712/1‑69 (MQ=255) aaGGATTGCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGctct > 1:2353788/1‑69 (MQ=255) aaGGATTGCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGctct > 1:2896209/1‑69 (MQ=255) aaGGATTGCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGctct > 1:3253225/1‑69 (MQ=255) aaGGATTGCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGctc > 1:1919930/1‑68 (MQ=255) ttGCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCa > 1:2253348/1‑68 (MQ=255) gCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCAcgt > 1:2450567/1‑69 (MQ=255) gCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCAcgt > 1:3019438/1‑69 (MQ=255) gCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCAcgt > 1:3015492/1‑69 (MQ=255) ttAAACGGCAAACCATTATGGCAGTATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGtt < 1:1715083/69‑1 (MQ=255) ttAAACGGCAAACCATTATGGCAGTATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGtt < 1:2553808/69‑1 (MQ=255) ttAAACGGCAAACCATTATGGCAGTATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGtt < 1:2826834/69‑1 (MQ=255) ttAAACGGCAAACCATTATGGCAGTATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGtt < 1:710202/69‑1 (MQ=255) ttAAACGGCAAACCATTATGGCAGTATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGtt < 1:2255352/69‑1 (MQ=255) ttAAACGGCAAACCATTATGGCAGTATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGtt < 1:1368378/69‑1 (MQ=255) ttAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGtt < 1:2394611/69‑1 (MQ=255) ttAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGtt < 1:1824710/69‑1 (MQ=255) ttAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGtt < 1:1516751/69‑1 (MQ=255) ttAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGtt < 1:249603/69‑1 (MQ=255) ttAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGtt < 1:1019465/69‑1 (MQ=255) tAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGtt < 1:549188/68‑1 (MQ=255) tAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGtt < 1:2008133/68‑1 (MQ=255) aaaCGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTaa < 1:676695/69‑1 (MQ=255) aaaCGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTaa < 1:1578450/69‑1 (MQ=255) aaaCGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTaa < 1:3339950/69‑1 (MQ=255) aaaCGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTaa < 1:131483/69‑1 (MQ=255) aaaCGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTaa < 1:1791138/69‑1 (MQ=255) aaaCGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTaa < 1:817201/69‑1 (MQ=255) ggCAAACCATTGTGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCt < 1:3176112/69‑1 (MQ=255) ggCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCt < 1:3229097/69‑1 (MQ=255) ggCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCt < 1:2763992/69‑1 (MQ=255) ccATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCATCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGt < 1:1854962/69‑1 (MQ=255) ccATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCg > 1:2122928/1‑68 (MQ=255) ccATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGt < 1:2830874/69‑1 (MQ=255) ccATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGt < 1:2511191/69‑1 (MQ=255) ccATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGt < 1:2864458/69‑1 (MQ=255) ccATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGt < 1:593799/69‑1 (MQ=255) ccATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGt < 1:978415/69‑1 (MQ=255) ccATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGt < 1:2203289/69‑1 (MQ=255) ccATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGt < 1:1170307/69‑1 (MQ=255) ccATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGt < 1:1543095/69‑1 (MQ=255) ttATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGt < 1:961251/66‑1 (MQ=255) aTGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCt > 1:1328140/1‑69 (MQ=255) aTGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCt > 1:3383565/1‑69 (MQ=255) tCGCTGACGCGCTTATGCCGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATc > 1:689990/1‑69 (MQ=255) tCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATg > 1:933835/1‑45 (MQ=255) tCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCt > 1:1053071/1‑66 (MQ=255) tCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATc > 1:2972935/1‑69 (MQ=255) tCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATc > 1:3097764/1‑69 (MQ=255) tCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATc > 1:1741121/1‑69 (MQ=255) tCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATc > 1:2573466/1‑69 (MQ=255) tCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATc > 1:1930516/1‑69 (MQ=255) tCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATc > 1:2173943/1‑69 (MQ=255) cGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCt < 1:474056/46‑1 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGtca > 1:1226823/1‑53 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGaa < 1:356855/60‑1 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGaa < 1:666822/60‑1 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGaa < 1:772598/60‑1 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGaa < 1:1237780/60‑1 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGaa < 1:870619/60‑1 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGaa < 1:2284595/60‑1 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGaa < 1:2073268/60‑1 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGaa < 1:2948869/60‑1 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCa > 1:2998015/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCa > 1:809557/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCa > 1:3110710/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCa > 1:3162912/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCa > 1:679288/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCa > 1:2057753/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCa > 1:2397754/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCa > 1:2916694/1‑68 (MQ=255) gCTGACGCGCTTATGACGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCa > 1:1203302/1‑68 (MQ=255) gACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGtt < 1:626186/36‑1 (MQ=255) cgcTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCg < 1:840462/69‑1 (MQ=255) cgcTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCg < 1:658969/69‑1 (MQ=255) cgcTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCg < 1:2655879/69‑1 (MQ=255) cgcTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCg < 1:1558777/69‑1 (MQ=255) cgcTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCg < 1:1540946/69‑1 (MQ=255) cgcTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCg < 1:1365126/69‑1 (MQ=255) 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tATGACGCAGCTTTCTCTCGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAgg < 1:410128/59‑1 (MQ=255) aCGCAGCTTTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAgg < 1:188892/55‑1 (MQ=255) tctctcACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCGGTCTGAAAGTGATTg < 1:2210305/69‑1 (MQ=255) tctctcACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCGGTCTGAAAGTGATTg < 1:2145675/69‑1 (MQ=255) tctctcACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCGGTCTGAAAGTGATTg < 1:2530598/69‑1 (MQ=255) tctctcACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCGGTCTGAAAGTGATTg < 1:422530/69‑1 (MQ=255) ctctcACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCGGTCTGAAAGTGAt > 1:1438400/1‑66 (MQ=255) | AAAGGATTGCTTGAATTAAACGGCAAACCATTATGGCAACATGTCGCTGACGCGCTTATGACGCAGCTCTCTCACGTCGTGGTTAATGCTAATCGTCATCAGGAAATCTATCAGGCAAGCGGTCTGAAAGTGATTG > minE/2356686‑2356821 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |