| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,385,126 | G→C | 30.9% | D145E (GAC→GAG) | metE ← | 5‑methyltetrahydropteroyltriglutamate‑ homocysteine S‑methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,385,126 | 0 | G | C | 30.9% | 78.2 / 44.9 | 68 | D145E (GAC→GAG) | metE | 5‑methyltetrahydropteroyltriglutamate‑ homocysteine S‑methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/27); new base C (7/14); total (27/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
CAGGTAACCGGCCCCAGCAGCACAGGTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGCACCATGTA > minE/2385061‑2385188 | caGGTAACCGGCCCCAGCAGCACAGGTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTcc > 1:1025031/1‑69 (MQ=255)caGGTAACCGGCCCCAGCAGCACAGGTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTcc > 1:1180535/1‑69 (MQ=255)caGGTAACCGGCCCCAGCAGCACAGGTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTcc > 1:2209657/1‑69 (MQ=255)caGGTAACCGGCCCCAGCAGCACAGGTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTcc > 1:1306977/1‑69 (MQ=255) ggTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTg < 1:2169414/69‑1 (MQ=255) ggTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTg < 1:3422807/69‑1 (MQ=255) ggTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTg < 1:1291833/69‑1 (MQ=255) ggTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTg < 1:1947363/69‑1 (MQ=255) ggTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTg < 1:3155107/69‑1 (MQ=255) ggTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTg < 1:3332092/69‑1 (MQ=255) tttCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGaa < 1:597868/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:2182407/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:2331271/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:3400244/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:3385107/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:1686033/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:2756724/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:845692/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:1431298/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:1343535/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:952757/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:1212536/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:995536/69‑1 (MQ=255) tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:1093534/69‑1 (MQ=255) tgtgGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGc < 1:945201/69‑1 (MQ=255) tgtgGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGc < 1:377160/69‑1 (MQ=255) tgtgGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGc < 1:1182318/69‑1 (MQ=255) tgtgGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACATCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGc < 1:1904262/69‑1 (MQ=255) gCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:2844722/69‑1 (MQ=255) gCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:505130/69‑1 (MQ=255) gCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:791418/69‑1 (MQ=255) gCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:1670752/69‑1 (MQ=255) ccagcgccagcgCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTa > 1:2151397/1‑68 (MQ=255) ccagcgccagcgCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTa > 1:1950263/1‑68 (MQ=255) ccagcgccagcgCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTa > 1:1841008/1‑68 (MQ=255) ccagcgccagcgCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTa > 1:85687/1‑68 (MQ=255) ccagcgccagcgCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCGTTa > 1:2569150/1‑68 (MQ=255) agcgccagcgccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGaa < 1:1083156/53‑1 (MQ=255) agcgccagcgccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACg < 1:3043347/69‑1 (MQ=255) gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:2876273/1‑46 (MQ=255) gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:67248/1‑46 (MQ=255) gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:540693/1‑46 (MQ=255) gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:2781088/1‑46 (MQ=255) gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:866166/1‑46 (MQ=255) gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:726766/1‑46 (MQ=255) gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:370445/1‑46 (MQ=255) gccagcgccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAAc > 1:1552509/1‑69 (MQ=255) gccagcgccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAAc > 1:2468982/1‑69 (MQ=255) gccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:1892628/1‑38 (MQ=255) gccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGc > 1:1768429/1‑69 (MQ=255) gccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGc > 1:1887391/1‑69 (MQ=255) gccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGc > 1:3148931/1‑69 (MQ=255) gccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGc > 1:1828495/1‑69 (MQ=255) tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:1196508/53‑1 (MQ=255) tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:1488366/53‑1 (MQ=255) tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:1323765/53‑1 (MQ=255) tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:659541/53‑1 (MQ=255) tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:643897/53‑1 (MQ=255) tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:501739/53‑1 (MQ=255) tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:2154755/53‑1 (MQ=255) tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:2549422/53‑1 (MQ=255) tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:2974912/53‑1 (MQ=255) gTCCACTTCCTCCAGCAGCTTCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:900458/41‑1 (MQ=38) cACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGCACCATGTa > 1:657054/1‑69 (MQ=255) cACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGCACCATGTa > 1:499332/1‑69 (MQ=255) cACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGCACCATGTa > 1:1409826/1‑69 (MQ=255) cACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGCACCATGTa > 1:3047572/1‑69 (MQ=255) cTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGc < 1:2610550/42‑1 (MQ=255) | CAGGTAACCGGCCCCAGCAGCACAGGTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGCACCATGTA > minE/2385061‑2385188 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |