| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,402,524 | T→C | 47.5% | P169P (CCA→CCG) | yigA ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,402,524 | 0 | T | C | 47.5% | 2.5 / 70.7 | 80 | P169P (CCA→CCG) | yigA | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/17); new base C (19/19); total (44/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
GCTTCCCAGCATCGACATCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGAAAG > minE/2402458‑2402591 | gCTTCCCAGCATCGACATCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTgg > 1:2915594/1‑69 (MQ=255)gCTTCCCAGCATCGACATCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTgg > 1:2691743/1‑69 (MQ=255)gCTTCCCAGCATCGACATCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTgg > 1:81156/1‑69 (MQ=255)gCTTCCCAGCATCGACATCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTgg > 1:3165313/1‑69 (MQ=255)gCTTCCCAGCATCGACATCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTgg > 1:1428393/1‑69 (MQ=255)gCTTCCCAGCATCGACATCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTgg > 1:2664035/1‑69 (MQ=255)gCTTCCCAGCATCGACATCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTg > 1:750594/1‑68 (MQ=255) gACATCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCgg > 1:116341/1‑68 (MQ=255) tCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCaa < 1:1898439/69‑1 (MQ=255) tCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCaa < 1:2983381/69‑1 (MQ=255) tCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCaa < 1:3386992/69‑1 (MQ=255) tCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCaa < 1:2548415/69‑1 (MQ=255) tCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCaa < 1:886515/69‑1 (MQ=255) cGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCaa < 1:1368072/68‑1 (MQ=255) gacACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCaa > 1:545640/3‑67 (MQ=255) gCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCg > 1:2771542/1‑54 (MQ=255) gCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCaa > 1:1529161/1‑67 (MQ=255) gCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCaa > 1:2374878/1‑67 (MQ=255) gCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCaa > 1:2620933/1‑67 (MQ=255) gCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGa < 1:696159/69‑1 (MQ=255) gCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGa < 1:2166183/69‑1 (MQ=255) gCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGa < 1:3241764/69‑1 (MQ=255) gCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGa < 1:1242588/69‑1 (MQ=255) cACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGAt < 1:2848550/68‑1 (MQ=255) agcGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAg > 1:269278/3‑56 (MQ=255) aCCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAg > 1:2439624/1‑56 (MQ=255) aCCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAg > 1:2044565/1‑56 (MQ=255) aCCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAg > 1:2034754/1‑56 (MQ=255) aCCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAg > 1:199082/1‑56 (MQ=255) aCCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAg > 1:2444093/1‑56 (MQ=255) 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aCCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAGCGGTCCCAGATAg < 1:1363101/69‑1 (MQ=255) aCCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAGCGGTCCCAGATAg < 1:198239/69‑1 (MQ=255) aCCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAGCGGTCCCAGATAg < 1:1225449/69‑1 (MQ=255) aCCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAGCGGTCCCAGATAg < 1:1203386/69‑1 (MQ=255) aCCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAGCGGTCCCAGATAg < 1:1826923/69‑1 (MQ=255) aCCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGCCCGTTAAGCGGTCCCAGATAg < 1:1473532/69‑1 (MQ=255) aCCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACAACCAGCAGCTCCGGTCCGTTaa > 1:3046726/1‑55 (MQ=39) ccGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAGCGGTCCCAGATAg < 1:1175714/68‑1 (MQ=255) ccGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAGCGGTCCCAGATAg < 1:484902/68‑1 (MQ=255) gATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGa < 1:1466109/63‑1 (MQ=255) gATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGc > 1:724711/1‑69 (MQ=255) gATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGc > 1:1941083/1‑69 (MQ=255) gATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGc > 1:3263156/1‑69 (MQ=255) gATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGc > 1:2491497/1‑69 (MQ=255) ccACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGtt < 1:1823258/69‑1 (MQ=255) ccACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGtt < 1:596366/69‑1 (MQ=255) gTAGCACCACCAGCAGCTCCGGTCCGTTAAGCGGTCCCAGATAg < 1:811840/44‑1 (MQ=37) aGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAAt > 1:2205008/1‑68 (MQ=255) gCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAAt > 1:2127209/1‑67 (MQ=255) gCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATa > 1:1755278/1‑68 (MQ=255) gCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATa > 1:1060014/1‑68 (MQ=255) gCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATa > 1:180362/1‑68 (MQ=255) gCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATa > 1:1320281/1‑68 (MQ=255) cagcagCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCgg > 1:1102608/1‑69 (MQ=255) cagcagCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCg > 1:1925800/1‑68 (MQ=255) gcTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGa < 1:1712361/69‑1 (MQ=255) gcTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGa < 1:1076166/69‑1 (MQ=255) gcTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGa < 1:2970444/69‑1 (MQ=255) ctctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGa < 1:501029/68‑1 (MQ=255) ctctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGa < 1:710790/68‑1 (MQ=255) cgctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGa < 1:1826339/66‑1 (MQ=255) tctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGaaa > 1:2893956/1‑69 (MQ=255) tctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGaaa > 1:804163/1‑69 (MQ=255) tctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGaaa > 1:3160957/1‑69 (MQ=255) tctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGaaa > 1:1239122/1‑69 (MQ=255) tctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGaaa < 1:3369671/69‑1 (MQ=255) ctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGAAAg < 1:1980766/69‑1 (MQ=255) ctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGAAAg < 1:2932404/69‑1 (MQ=255) ctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGAAAg < 1:892158/69‑1 (MQ=255) ctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGAAAg < 1:1453951/69‑1 (MQ=255) ctGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGAAAg < 1:94203/69‑1 (MQ=255) | GCTTCCCAGCATCGACATCGCCACCGATCCCACCGCTTTCGCTTCCGGTAGCACCACCAGCAGCTCTGGTCCGTTAAGCGGCCCAAGATAGTGCTGTTCCTGCCCCAAACGCTGAATACGCAGCGGTTCGAAAG > minE/2402458‑2402591 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |