| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,410,191 | C→T | 28.5% | N215N (AAC→AAT) | hemX → | uroporphyrinogen III methylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,410,191 | 0 | C | T | 28.5% | 171.8 / 68.8 | 157 | N215N (AAC→AAT) | hemX | uroporphyrinogen III methylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/52); new base T (28/17); total (88/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
ATCGCAGGTGGATTATGACGGCATCATCCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGCCGATGGATTCAGACGGTGAAGAGCTTTCCAGT > minE/2410128‑2410257 | aTCGCAGGTGGATTATGACGGCATCATCCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTGc > 1:1193764/1‑68 (MQ=255)aTCGCAGGTGGATTATGACGGCATCATCCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTGCg > 1:2182056/1‑69 (MQ=255) tGGATTATGACGGCATCATCCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTg < 1:3040144/59‑1 (MQ=255) tGGATTATGACGGCATCATCCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTg < 1:281714/59‑1 (MQ=255) tGGATTATGACGGCATCATCCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTGCGTCTGGcc > 1:1295752/1‑68 (MQ=255) tGGATTATGACGGCATCATCCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTGCGTCTGGcc > 1:675956/1‑68 (MQ=255) tGGATTATGACGGCATCATCCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTGCGTCTGGcc > 1:3183015/1‑68 (MQ=255) tGGATTATGACGGCATCATCCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTGCGTCTGGc > 1:381067/1‑67 (MQ=255) ggATTATGACGGCATCATCCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTGCGTCTGGCCg > 1:118599/1‑68 (MQ=255) 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atcCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGt > 1:1416006/1‑69 (MQ=255) atcCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGt > 1:1573273/1‑69 (MQ=255) atcCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGt > 1:1787204/1‑69 (MQ=255) atcCTTAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAACCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGt > 1:1279237/1‑69 (MQ=255) tAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAATCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGcc < 1:3302170/69‑1 (MQ=255) tAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAATCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGcc < 1:3371494/69‑1 (MQ=255) tAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAATCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGcc < 1:3314986/69‑1 (MQ=255) tAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAATCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGcc < 1:1495491/69‑1 (MQ=255) tAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAATCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGcc < 1:3095704/69‑1 (MQ=255) tAAGCTTAATCAGCTTTCAAATCAGGTAGATAATCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGcc < 1:3166505/69‑1 (MQ=255) 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aTCAGGTAGATAACCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGCCGATGGATTCAGACGGTGAag < 1:530699/69‑1 (MQ=255) cAGGTAGATAACCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGCCGATGGATTCAGACGGTGAagag < 1:549883/69‑1 (MQ=255) cAGGTAGATAACCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGCCGATGGATTCAGACGGTGAagag < 1:2239732/69‑1 (MQ=255) cAGGTAGATAACCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGCCGATGGATTCAGACGGTGAagag < 1:758610/69‑1 (MQ=255) cAGGTAGATAACCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGCCGATGGATTCAGACGGTGAagag < 1:1848345/69‑1 (MQ=255) cAGGTAGATAACCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGCCGATGGATTCAGACGGTGAagag < 1:1801928/69‑1 (MQ=255) tAACCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGCCGATGGATTCAGACGGTGAAGAGCTTTcc < 1:3282882/67‑1 (MQ=255) aaCCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGCCGATGGATTCAGACGGTGATGAGCTTTCAAGt > 1:1375590/1‑69 (MQ=255) aaCCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGCCGATGGATTCAGACGGTGAAGAGCTTTCCAGt > 1:1361419/1‑69 (MQ=255) aaCCTGCGTCTGGCCGATAATGACAGCGATGGTTCGCCGATGGATTCAGACGGTGAAGAGCTTTCCAGt > 1:2642152/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |