| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,420,823 | G→T | 34.7% | T89K (ACA→AAA) | rffT ← | TDP‑Fuc4NAc:lipidII transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,420,823 | 0 | G | T | 34.7% | 74.9 / 49.7 | 72 | T89K (ACA→AAA) | rffT | TDP‑Fuc4NAc:lipidII transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/31); new base T (12/13); total (28/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
CCCCCCAGATATGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑CGCTGCTGACGGTTAGCTTTTGCTTTCGCGATGACCG > minE/2420758‑2420889 | ccccccAGATATGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTgg > 1:3280826/1‑69 (MQ=255)ccccccAGATATGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTgg > 1:2649841/1‑69 (MQ=255) cAGATATGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTg < 1:738138/69‑1 (MQ=255) cAGATATGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTg < 1:3430113/69‑1 (MQ=255) tatGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt > 1:3257395/1‑69 (MQ=255) tatGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt > 1:2777244/1‑69 (MQ=255) tatGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt > 1:3212204/1‑69 (MQ=255) atGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTg > 1:128402/1‑69 (MQ=255) atGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTg > 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caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:1511360/1‑67 (MQ=255) caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:166700/1‑67 (MQ=255) caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:1877132/1‑67 (MQ=255) caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:1993513/1‑67 (MQ=255) caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:1608112/1‑67 (MQ=255) caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:152866/1‑67 (MQ=255) caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:3228948/1‑67 (MQ=255) caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:712307/1‑67 (MQ=255) caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:806730/1‑67 (MQ=255) caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:829179/1‑67 (MQ=255) caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:2630389/1‑67 (MQ=255) caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAATCGCTGCTGACg > 1:975028/1‑68 (MQ=255) agcagAGCCAGCCACAGTTTTGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:1029834/60‑1 (MQ=255) agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:352843/60‑1 (MQ=255) agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:1285890/60‑1 (MQ=255) agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:420154/60‑1 (MQ=255) agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:1683996/60‑1 (MQ=255) agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:2018374/60‑1 (MQ=255) agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:3253527/60‑1 (MQ=255) agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:2073240/60‑1 (MQ=255) agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:3064301/60‑1 (MQ=255) 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CCCCCCAGATATGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑CGCTGCTGACGGTTAGCTTTTGCTTTCGCGATGACCG > minE/2420758‑2420889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |