| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,425,234 | G→A | 27.6% | D286D (GAC→GAT) | rffG ← | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,425,234 | 0 | G | A | 27.6% | 99.9 / 35.6 | 90 | D286D (GAC→GAT) | rffG | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/12); new base A (10/15); total (63/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
CAATTTTCGAAGCATCAATGGCATAACGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGTTTC > minE/2425167‑2425302 | cAATTTTCGAAGCATCAATGGCATAACGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGt > 1:1116580/1‑69 (MQ=255)cAATTTTCGAAGCATCAATGGCATAACGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGt > 1:2904257/1‑69 (MQ=255) aaGCATCAATGGCATAACGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAg < 1:2096901/68‑1 (MQ=255) aaGCATCAATGGCATAACGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAg < 1:1833509/68‑1 (MQ=255) aaGCATCAATGGCATAACGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAg < 1:2100792/68‑1 (MQ=255) aaGCATCAATGGCATAACGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAg < 1:3042428/68‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:2980844/69‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:3325217/69‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:1850690/69‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:169296/69‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:3092678/69‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:761733/69‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:23131/69‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:2322592/69‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:1246653/69‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:2733188/69‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:964384/69‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:1057565/69‑1 (MQ=255) tCAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:2620529/69‑1 (MQ=255) cAATGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:579176/68‑1 (MQ=255) aaTGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGcc < 1:2880467/67‑1 (MQ=255) aaTGGCATAACGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCAc > 1:386862/1‑69 (MQ=255) aaTGGCATAACGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCAc > 1:1118714/1‑69 (MQ=255) aaTGGCATAACGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCAc > 1:855390/1‑69 (MQ=255) tGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGCCACGc > 1:1003508/1‑69 (MQ=255) tGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGCCACGc > 1:340253/1‑69 (MQ=255) tGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGCCACGc > 1:2664793/1‑69 (MQ=255) tGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGCCACGc > 1:2868515/1‑69 (MQ=255) tGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGCCACGc > 1:877865/1‑69 (MQ=255) tGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGCCACGc > 1:2978560/1‑69 (MQ=255) tGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGCCACGc > 1:853196/1‑69 (MQ=255) tGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGCCACGc > 1:330932/1‑69 (MQ=255) tGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGCCACGc > 1:3325856/1‑69 (MQ=255) tGGCATAGCGTAGGTCATGCCCTGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGATCGCGATAGTGCGCCACGc > 1:1963554/1‑69 (MQ=255) aCGCAGGTCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCTGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:438073/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGGCGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGAGCGCCACGCCGTGCgg > 1:911101/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATa > 1:1406410/1‑51 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:662708/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:500377/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:937040/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:965224/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:3333551/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:2661973/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:2547414/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:1337762/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:1385443/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:1413839/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:2080346/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:2102754/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCgg > 1:2201858/1‑69 (MQ=255) aCGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCAGTGCgg > 1:2096719/1‑69 (MQ=255) gaTGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:1882423/2‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATGAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:471215/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:1896876/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:1005814/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:166927/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:506400/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:550712/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:556133/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:1634920/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:580882/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:1606346/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:695067/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:715695/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:1585281/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:1154885/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:2537002/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:2638652/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:3143759/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:3035889/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:2241891/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:227826/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:2913343/1‑67 (MQ=255) cATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGtt > 1:2376640/1‑67 (MQ=255) cGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAg < 1:93226/69‑1 (MQ=255) cGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGttct < 1:686826/69‑1 (MQ=255) cGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGttct < 1:2425813/69‑1 (MQ=255) cGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGttct < 1:2387402/69‑1 (MQ=255) cGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGttct < 1:789165/69‑1 (MQ=255) cGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGttct < 1:2759936/69‑1 (MQ=255) ggTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGttct < 1:653652/68‑1 (MQ=255) ggTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCa < 1:2315107/69‑1 (MQ=255) cAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGt > 1:1911497/1‑69 (MQ=255) cAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGt > 1:539755/1‑69 (MQ=255) cAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGt > 1:829457/1‑69 (MQ=255) cAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGt > 1:1549276/1‑69 (MQ=255) cAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGt > 1:868012/1‑69 (MQ=255) cAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGt > 1:2131689/1‑69 (MQ=255) cAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGt > 1:3209163/1‑69 (MQ=255) cAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGt > 1:3414945/1‑69 (MQ=255) gTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGTTTc < 1:2363159/69‑1 (MQ=255) gTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGTTTc < 1:629769/69‑1 (MQ=255) gTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGTTTc < 1:2380449/69‑1 (MQ=255) gTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGTTTc < 1:2066893/69‑1 (MQ=255) gTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGTTTc < 1:3370294/69‑1 (MQ=255) gTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGTTTc < 1:110669/69‑1 (MQ=255) | CAATTTTCGAAGCATCAATGGCATAACGCAGATCATGCCCCGGACGGTCAGCGACAAAGGTGATCAGGTCACGATAGTGCGCCACGCCGTGCGGCTTGTTCGGAGCCAGTTCTTCCAGCAGCTCGCAAATGGTTTC > minE/2425167‑2425302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |