| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,439,852 | T→C | 18.4% | A264A (GCA→GCG) | ilvC ← | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,439,852 | 0 | T | C | 18.4% | 190.3 / 29.8 | 124 | A264A (GCA→GCG) | ilvC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/60); new base C (8/15); total (49/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
AGCACGCAGTTTCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGATCGGTACCTTC > minE/2439789‑2439917 | aGCACGCAGTTTCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCtt > 1:730072/1‑68 (MQ=255)aGCACGCAGTTTCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTc > 1:1825106/1‑69 (MQ=255)aGCACGCAGTTTCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTc > 1:1733339/1‑69 (MQ=255)aGCACGCAGTTTCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTc > 1:2234843/1‑69 (MQ=255)aGCACGCAGTTTCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTc > 1:3182262/1‑69 (MQ=255)aGCACGCAGTTTCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTc > 1:538217/1‑69 (MQ=255) aCGCAGTTTCGCCGGGTTAGAGAGACGGTACATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGt < 1:1280521/69‑1 (MQ=255) ttCGCCGGGTTAGAGAGACGGTGCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGtt > 1:614201/1‑69 (MQ=255) ttCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGtt > 1:229911/1‑69 (MQ=255) ttCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGtt > 1:2/1‑69 (MQ=255) ttCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGtt > 1:3353683/1‑69 (MQ=255) ttCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGtt > 1:1541798/1‑69 (MQ=255) ttCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGtt > 1:26339/1‑69 (MQ=255) ttCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGtt > 1:1314095/1‑69 (MQ=255) ttCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGtt > 1:878534/1‑69 (MQ=255) tCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGttt > 1:615924/1‑69 (MQ=255) tCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGttt > 1:1175437/1‑69 (MQ=255) ttAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCg > 1:425281/1‑69 (MQ=255) ttAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCg > 1:2955828/1‑69 (MQ=255) ttAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCg > 1:3008766/1‑69 (MQ=255) gagaCGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCggg < 1:621124/48‑2 (MQ=255) ggTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCa > 1:2432515/1‑69 (MQ=255) ggTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCa > 1:296401/1‑69 (MQ=255) ggTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCa > 1:3384082/1‑69 (MQ=255) ggTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACAGAACTGAATCa > 1:3126747/1‑69 (MQ=255) ggTCCATCATCAGGGTGATGCCGACCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCa > 1:2527674/1‑69 (MQ=255) gTCAATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAg < 1:808647/69‑1 (MQ=255) catcatCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGt < 1:309427/39‑1 (MQ=255) catcatCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGt < 1:1080195/39‑1 (MQ=255) catcatCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGt < 1:425718/39‑1 (MQ=255) catcatCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGt < 1:652064/39‑1 (MQ=255) catcatCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGt < 1:2338047/39‑1 (MQ=255) catcatCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGt < 1:97770/39‑1 (MQ=255) catcatCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGt < 1:22315/39‑1 (MQ=255) catcatCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGt < 1:1834220/39‑1 (MQ=255) catcatCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGt < 1:1238326/39‑1 (MQ=255) catcatCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGt < 1:2083102/39‑1 (MQ=255) catcatCAGGGTGATGACGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGt < 1:361777/39‑1 (MQ=255) tcatcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAAGCGAACTGAATCAGtttt < 1:2060972/68‑1 (MQ=255) tcatcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:3339800/68‑1 (MQ=255) tcatcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:2724287/68‑1 (MQ=255) tcatcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:3119871/68‑1 (MQ=255) tcatcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:675288/68‑1 (MQ=255) tcatcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:948514/68‑1 (MQ=255) atcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:2519066/66‑1 (MQ=255) atcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:754224/66‑1 (MQ=255) atcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:343563/66‑1 (MQ=255) atcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:278598/66‑1 (MQ=255) atcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:1421562/66‑1 (MQ=255) atcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:2820149/66‑1 (MQ=255) atcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:529051/66‑1 (MQ=255) atcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:3072051/66‑1 (MQ=255) atcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:2020441/66‑1 (MQ=255) atcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCt > 1:1297463/1‑69 (MQ=255) atcaGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCt > 1:2917131/1‑69 (MQ=255) aGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCg < 1:1678950/69‑1 (MQ=255) aGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCg < 1:2937333/69‑1 (MQ=255) aGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCg < 1:447677/69‑1 (MQ=255) aGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCg < 1:2295124/69‑1 (MQ=255) gggTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCATCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCg < 1:2586377/68‑1 (MQ=255) ggTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTa < 1:197455/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTa < 1:2389288/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGAGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTa < 1:2880217/69‑1 (MQ=255) aTGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGttt > 1:2368686/1‑56 (MQ=255) ccgccCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:56091/54‑1 (MQ=255) ccgccCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGa > 1:2049960/1‑69 (MQ=255) ccgccCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGa > 1:2815516/1‑69 (MQ=255) ccgccCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGa > 1:1724285/1‑69 (MQ=255) gccCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGAt < 1:1473406/68‑1 (MQ=255) gccCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGAt < 1:1079438/68‑1 (MQ=255) gccCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGAt < 1:2915247/68‑1 (MQ=255) gccCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGAt < 1:2092296/68‑1 (MQ=255) gccCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATACTGGAt < 1:1898410/68‑1 (MQ=255) cccTGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCg > 1:1278535/1‑69 (MQ=255) cccTGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCg > 1:1298570/1‑69 (MQ=255) cccTGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCg > 1:2530866/1‑69 (MQ=255) cTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGATCGGt < 1:2409342/69‑1 (MQ=255) cTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGATCGGt < 1:1308839/69‑1 (MQ=255) cTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGATCGGt < 1:138436/69‑1 (MQ=255) cTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGATCGGt < 1:2514619/69‑1 (MQ=255) cTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGATCGGt < 1:3154662/69‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:760880/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:1232043/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:839670/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:1091625/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:878800/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:655999/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:3428429/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:2635587/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:506530/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:454534/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:3160728/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:355928/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:3268554/68‑1 (MQ=255) tGTTTCAGCGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCCGGATCGGt < 1:1687580/68‑1 (MQ=255) gTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGATCGGTAc > 1:638253/1‑69 (MQ=255) tttCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGtttt < 1:385498/46‑1 (MQ=255) tCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGATCGGTACct < 1:2600827/68‑1 (MQ=255) aGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGATCGGTACcttc < 1:2308419/68‑1 (MQ=255) tGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGATCGGt < 1:2869690/60‑1 (MQ=255) | AGCACGCAGTTTCGCCGGGTTAGAGAGACGGTCCATCATCAGGGTGATGCCGCCCTGTTTCAGTGCTTCGGTGATGGTTTCCCAACCGAACTGAATCAGTTTTTCTGCGTATGCTGGATCGGTACCTTC > minE/2439789‑2439917 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |