| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,444,281 | C→T | 23.5% | L285L (CTG→CTA) | ilvD ← | dihydroxyacid dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,444,281 | 0 | C | T | 23.5% | 175.3 / 43.0 | 132 | L285L (CTG→CTA) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/59); new base T (9/22); total (50/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GGGAAAGCTTATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCA > minE/2444220‑2444341 | gggAAAGCTTATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTg < 1:2436149/67‑1 (MQ=255)gggAAAGCTTATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTg < 1:1172757/67‑1 (MQ=255) tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:169910/69‑1 (MQ=255) tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:838515/69‑1 (MQ=255) tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:2898805/69‑1 (MQ=255) aTCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGtt > 1:3080372/1‑69 (MQ=255) aTCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGtt > 1:582587/1‑69 (MQ=255) tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:2245499/69‑1 (MQ=255) tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:2250569/69‑1 (MQ=255) tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:2649050/69‑1 (MQ=255) tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:3313666/69‑1 (MQ=255) tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:40055/69‑1 (MQ=255) tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:542765/69‑1 (MQ=255) tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:1052933/69‑1 (MQ=255) atCACTGATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:1708743/69‑1 (MQ=255) atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:1250277/69‑1 (MQ=255) atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:1145277/69‑1 (MQ=255) atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:1120138/69‑1 (MQ=255) atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:870917/69‑1 (MQ=255) atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:2525448/69‑1 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:1342026/1‑62 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:2344439/1‑62 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:2373600/1‑62 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:2519358/1‑62 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:2572706/1‑62 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:2696309/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:2466317/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:908091/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:2866136/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:830657/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:2276012/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:613927/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:975462/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1791657/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1067960/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1960202/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1587010/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATc > 1:2887725/1‑68 (MQ=255) tCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCa < 1:930253/68‑1 (MQ=255) tCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCa < 1:476564/68‑1 (MQ=255) tCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCa < 1:365171/68‑1 (MQ=255) gTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCa < 1:491877/67‑1 (MQ=255) gTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCa < 1:445741/67‑1 (MQ=255) gAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc < 1:662178/69‑1 (MQ=255) gAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc < 1:3133795/69‑1 (MQ=255) aaGTCGATTTCCTATTCCTTCGAAGACGCCAGCAGGt > 1:1038084/1‑37 (MQ=12) aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:3330771/1‑68 (MQ=255) aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:3098995/1‑68 (MQ=255) aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:1387033/1‑68 (MQ=255) aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:1264942/1‑68 (MQ=255) aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:3190702/1‑68 (MQ=255) aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:2799613/1‑68 (MQ=255) aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:2553573/1‑68 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:905273/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat > 1:25295/1‑69 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:1856942/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:259324/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:1217358/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:3060892/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat > 1:1531284/1‑69 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat > 1:58100/1‑69 (MQ=255) 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gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:3015099/1‑44 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTATGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:216306/46‑1 (MQ=37) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:386797/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:2102525/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:107319/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1132916/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1185810/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:774851/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:684117/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1937471/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:634495/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1923346/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1990353/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:934388/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:3413763/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1956691/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCAGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1251074/46‑1 (MQ=25) ccGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGc > 1:2882055/1‑68 (MQ=255) gCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGt < 1:208747/68‑1 (MQ=255) gCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGt < 1:72056/68‑1 (MQ=255) gCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGt < 1:3173386/68‑1 (MQ=255) gCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGt < 1:892992/68‑1 (MQ=255) ccTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATgg > 1:744583/1‑69 (MQ=255) ccTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATgg > 1:467231/1‑69 (MQ=255) gccgccAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCa < 1:671824/69‑1 (MQ=255) gccgccAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCa < 1:224176/69‑1 (MQ=255) agcagGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgcg > 1:273990/1‑39 (MQ=255) | GGGAAAGCTTATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCA > minE/2444220‑2444341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |