| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,444,290 | T→A | 23.3% | V282V (GTA→GTT) | ilvD ← | dihydroxyacid dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,444,290 | 0 | T | A | 23.3% | 224.4 / 65.1 | 133 | V282V (GTA→GTT) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/59); new base A (9/22); total (52/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCTTACTGGC > minE/2444229‑2444358 | tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:110718/69‑1 (MQ=255)tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:169910/69‑1 (MQ=255)tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:34075/69‑1 (MQ=255)tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:838515/69‑1 (MQ=255)tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:666290/69‑1 (MQ=255) aTCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGtt > 1:3080372/1‑69 (MQ=255) aTCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGtt > 1:582587/1‑69 (MQ=255) tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:40055/69‑1 (MQ=255) tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:2250569/69‑1 (MQ=255) tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:3313666/69‑1 (MQ=255) tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:542765/69‑1 (MQ=255) tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:1052933/69‑1 (MQ=255) atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:1250277/69‑1 (MQ=255) atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:870917/69‑1 (MQ=255) atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:1145973/69‑1 (MQ=255) atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:2282680/69‑1 (MQ=255) atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:1120138/69‑1 (MQ=255) atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:3006777/69‑1 (MQ=255) tCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:3095298/68‑1 (MQ=255) tCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:2626097/68‑1 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:1342026/1‑62 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:2373600/1‑62 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:2519358/1‑62 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:2487881/1‑62 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:92115/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:2276012/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:2696309/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:908091/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:975462/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:613927/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1067960/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1791657/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1645072/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1587010/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1960202/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATc > 1:2887725/1‑68 (MQ=255) tCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCa < 1:476564/68‑1 (MQ=255) tCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCa < 1:365171/68‑1 (MQ=255) gTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCa < 1:491877/67‑1 (MQ=255) gTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCa < 1:445741/67‑1 (MQ=255) gTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCa < 1:795484/67‑1 (MQ=255) gAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc < 1:3133795/69‑1 (MQ=255) aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:3190702/1‑68 (MQ=255) aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:1387033/1‑68 (MQ=255) aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:2553573/1‑68 (MQ=255) aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:2799613/1‑68 (MQ=255) aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:3330771/1‑68 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGGAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:877466/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat > 1:1531284/1‑69 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:3167431/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:3132633/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:905273/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:3280427/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:1856942/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:1217358/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat > 1:2007812/1‑69 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:248414/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat > 1:58100/1‑69 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:259324/69‑1 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat > 1:25295/1‑69 (MQ=255) gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:1952884/69‑1 (MQ=255) gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:425013/1‑44 (MQ=38) gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:2192215/1‑44 (MQ=38) gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:672757/1‑44 (MQ=38) gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:3188165/1‑44 (MQ=38) gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:2410223/1‑44 (MQ=38) gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:3015099/1‑44 (MQ=38) gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:286267/1‑44 (MQ=38) gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:2872619/1‑44 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTATGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:216306/46‑1 (MQ=37) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:634495/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1132916/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:2102525/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1185810/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1990353/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:774851/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:68881/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1806061/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:2533641/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1937471/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:3413763/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:934388/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1923346/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1519161/46‑1 (MQ=38) tttCCGCTTCCTGCGCCGCAGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1251074/46‑1 (MQ=25) ccGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGc > 1:2882055/1‑68 (MQ=255) gCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGt < 1:72056/68‑1 (MQ=255) gCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGt < 1:208747/68‑1 (MQ=255) ccTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATgg > 1:467231/1‑69 (MQ=255) ccTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATgg > 1:744583/1‑69 (MQ=255) gccgccAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCa < 1:671824/69‑1 (MQ=255) gccgccAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCa < 1:224176/69‑1 (MQ=255) agcagGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgcg > 1:273990/1‑39 (MQ=255) ggTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCt < 1:2687398/69‑1 (MQ=255) gTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCtt < 1:1352065/69‑1 (MQ=255) gTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGACtt < 1:388833/69‑1 (MQ=255) gAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCTTAc > 1:388425/1‑69 (MQ=255) tACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCTTACTGGc < 1:1052730/69‑1 (MQ=255) tACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCTTACTGGc < 1:27947/69‑1 (MQ=255) tACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCTTACTGGc < 1:3087265/69‑1 (MQ=255) | TATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCTTACTGGC > minE/2444229‑2444358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |