| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,451,340 | C→T | 37.5% | S231S (AGC→AGT) | hdfR → | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,451,340 | 0 | C | T | 37.5% | 73.6 / 73.6 | 117 | S231S (AGC→AGT) | hdfR | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/32); new base T (11/33); total (52/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCTT > minE/2451274‑2451403 | cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:2541298/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:962870/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:397609/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:3360544/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:3066007/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:277595/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:2513935/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:2266578/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:2181479/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:1940507/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:1611151/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:1389929/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:1259536/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:1377733/69‑1 (MQ=255)cAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTg < 1:1036551/69‑1 (MQ=255) tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGGTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGgcg > 1:1217026/1‑69 (MQ=255) tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTg > 1:1382860/1‑65 (MQ=255) tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTg > 1:2624052/1‑65 (MQ=255) tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTg > 1:1336093/1‑65 (MQ=255) tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTg > 1:1847509/1‑65 (MQ=255) tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTg > 1:1041876/1‑65 (MQ=255) tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTg > 1:444240/1‑65 (MQ=255) tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTg > 1:1347226/1‑65 (MQ=255) tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGgcg > 1:323767/1‑69 (MQ=255) tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGgcg > 1:178759/1‑69 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:1598558/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:491233/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:1839747/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:719701/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:151059/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:161768/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:3108079/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:28600/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:727743/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:1356741/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:2517950/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:777084/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:2445470/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTaaaaaa > 1:3374991/1‑69 (MQ=255) cTGGCAAAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:2959898/68‑1 (MQ=255) ggCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAgg > 1:2763786/1‑69 (MQ=255) gCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcggc > 1:218396/1‑67 (MQ=255) gCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGcc > 1:2500261/1‑68 (MQ=255) gCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGcc > 1:2907056/1‑68 (MQ=255) gCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGcc > 1:2788999/1‑68 (MQ=255) gCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGcc > 1:602120/1‑68 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2203936/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:3257021/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:314643/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:1996272/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:3067647/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:3000423/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:3352597/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2038890/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2856044/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:1807741/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:1572279/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2407027/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:1210816/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:744810/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2586579/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2679811/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:352475/69‑1 (MQ=255) aaCAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:1565649/68‑1 (MQ=255) aTTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2056413/63‑1 (MQ=255) gCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGtt > 1:3312575/1‑69 (MQ=255) aTGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTc < 1:2961580/69‑1 (MQ=255) aTGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTc < 1:2431133/69‑1 (MQ=255) aTGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTc < 1:19655/69‑1 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACGCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:2985599/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:1829125/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:628783/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:957752/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:327513/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:2310278/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:3201676/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:1125769/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:955587/54‑1 (MQ=255) tAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:3204472/1‑63 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:62130/1‑69 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:960256/1‑69 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:1464570/1‑69 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:1769552/1‑69 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:2970122/1‑69 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGAGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:2702746/1‑69 (MQ=255) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATAc > 1:822286/1‑43 (MQ=38) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:1637662/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:1010269/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:2471687/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:957142/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:878776/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:1387510/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:2961878/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:2147477/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:3368056/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:2084044/1‑49 (MQ=39) gTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCtt < 1:2168232/69‑1 (MQ=255) gTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCtt < 1:1000733/69‑1 (MQ=255) gTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCtt < 1:275111/69‑1 (MQ=255) gTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCtt < 1:1068472/69‑1 (MQ=255) | CAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCTT > minE/2451274‑2451403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |