| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,451,346 | G→A | 27.5% | A233A (GCG→GCA) | hdfR → | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,451,346 | 0 | G | A | 27.5% | 105.1 / 37.0 | 94 | A233A (GCG→GCA) | hdfR | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/40); new base A (11/15); total (39/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCTTTATGCCA > minE/2451278‑2451410 | tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGGTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGgcg > 1:1217026/1‑69 (MQ=255)tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGgcg > 1:178759/1‑69 (MQ=255)tCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGgcg > 1:323767/1‑69 (MQ=255) ctgctgAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGgcg > 1:975338/1‑68 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:727743/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:719701/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:2445470/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:1839747/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:2517950/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:3108079/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:777084/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:161768/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:491233/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:1598558/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:151059/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:1356741/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:28600/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:1164037/68‑1 (MQ=255) cTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTaaaaaa > 1:3374991/1‑69 (MQ=255) cTGGCAAAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGTTGGGCACGTaaaaa < 1:2959898/68‑1 (MQ=255) ggCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAgg > 1:2763786/1‑69 (MQ=255) gCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcggc > 1:218396/1‑67 (MQ=255) gCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGcc > 1:2673496/1‑68 (MQ=255) gCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGcc > 1:2788999/1‑68 (MQ=255) gCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGcc > 1:602120/1‑68 (MQ=255) gCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGcc > 1:2500261/1‑68 (MQ=255) gCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGcc > 1:1858381/1‑68 (MQ=255) gCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGcc > 1:2907056/1‑68 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTTCCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:214136/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:1717738/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:3352597/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:3257021/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:1210816/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2856044/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:1373112/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:352475/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2679811/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:1572279/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:314643/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2586579/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:744810/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:1807741/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:3067647/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2407027/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:3000423/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2293261/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2203936/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:1996272/69‑1 (MQ=255) cAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2038890/69‑1 (MQ=255) aaCAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:1565649/68‑1 (MQ=255) aTTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:2056413/63‑1 (MQ=255) gCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGtt > 1:3312575/1‑69 (MQ=255) aTGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTc < 1:19655/69‑1 (MQ=255) aTGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTc < 1:2431133/69‑1 (MQ=255) aTGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTc < 1:2961580/69‑1 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACGCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:2985599/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:3201676/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:327513/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:2966964/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:2310278/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:367781/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:628783/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:1829125/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:957752/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAggcg > 1:1125769/1‑49 (MQ=255) cTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTg < 1:955587/54‑1 (MQ=255) tAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:3204472/1‑63 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:2970122/1‑69 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:62130/1‑69 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:1769552/1‑69 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:1464570/1‑69 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:960256/1‑69 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:3293916/1‑69 (MQ=255) tGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGAGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGcac > 1:2702746/1‑69 (MQ=255) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATAc > 1:822286/1‑43 (MQ=38) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:2961878/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:1010269/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:1387510/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:957142/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:878776/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:1637662/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:2084044/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:2147477/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:2471687/1‑49 (MQ=39) ggCTACCCGTCAGTTGGGCACGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGt > 1:3368056/1‑49 (MQ=39) gTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCtt < 1:2168232/69‑1 (MQ=255) gTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCtt < 1:1000733/69‑1 (MQ=255) gTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCtt < 1:275111/69‑1 (MQ=255) gTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCtt < 1:9425/69‑1 (MQ=255) gTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCtt < 1:1068472/69‑1 (MQ=255) gggCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCTTTATGCCa < 1:2566868/69‑1 (MQ=255) gggCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCTTTATGCCa < 1:216856/69‑1 (MQ=255) gggCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCTTTATGCCa < 1:595314/69‑1 (MQ=255) gggCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCTTTATGCCa < 1:369259/69‑1 (MQ=255) gggCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCTTTATGCCa < 1:2812944/69‑1 (MQ=255) gggCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCTTTATGCCa < 1:3011425/69‑1 (MQ=255) ggCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCTTTATGCCa < 1:2663007/68‑1 (MQ=255) ggCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCTTTATGCCa < 1:1602852/68‑1 (MQ=255) | TCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGATGCTTAATGGTTGCACCTGGCTACCCGTCAGCTGGGCGCGTAAAAAAGGCGGCCTGCATACCGTTGTCGATAGCACAACACTTTCACGGCCGCTTTATGCCA > minE/2451278‑2451410 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |