| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,467,055 | A→C | 47.3% | T173T (ACA→ACC) | atpA → | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,467,055 | 0 | A | C | 47.3% | ‑4.3 / 114.6 | 93 | T173T (ACA→ACC) | atpA | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/17); new base C (27/17); total (59/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
GATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATGT > minE/2467004‑2467115 | gATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTaa > 1:691166/1‑57 (MQ=255)gATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTaa > 1:2967547/1‑57 (MQ=255)gATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTaa > 1:2832191/1‑57 (MQ=255)gATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTaa > 1:703990/1‑57 (MQ=255)gATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTaa > 1:1236753/1‑57 (MQ=255)gATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTaa > 1:3112738/1‑57 (MQ=255)gATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTaa > 1:907203/1‑57 (MQ=255)gATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTaa > 1:1852028/1‑57 (MQ=255)gATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTaa > 1:425750/1‑57 (MQ=255)gATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTaa > 1:2052824/1‑57 (MQ=255)gATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTaa > 1:1352352/1‑57 (MQ=255)gATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTa > 1:1078213/1‑56 (MQ=255) cccAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCg < 1:354851/59‑1 (MQ=255) cccAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCg < 1:804998/59‑1 (MQ=255) cccAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCg < 1:338511/59‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGTATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:865781/68‑1 (MQ=39) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCTTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:3038587/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:3428734/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:2292986/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:369452/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:2566217/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:1799922/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:1915177/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:1157942/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:1696053/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:1026721/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:1552206/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:1336946/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:1382312/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:768265/68‑1 (MQ=255) aaTCGGTCGTGGTCAGCATGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:59579/68‑1 (MQ=255) cGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACt > 1:752535/1‑57 (MQ=255) cGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACt > 1:2026913/1‑57 (MQ=255) cGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACt > 1:134008/1‑57 (MQ=255) cGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACt > 1:3128259/1‑57 (MQ=255) cGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGc < 1:1085715/69‑1 (MQ=255) ggTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGc > 1:3169001/1‑68 (MQ=255) tCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCcat < 1:2997064/69‑1 (MQ=255) cGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCg < 1:273605/61‑1 (MQ=255) cGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg < 1:2082390/69‑1 (MQ=255) cGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg < 1:281038/69‑1 (MQ=255) cGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg < 1:967802/69‑1 (MQ=255) cGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg < 1:1290919/69‑1 (MQ=255) cGTGAACTGATCAGCGTTTACCGTCAGACAGTTAAAACCGCAATGGCTATCg < 1:2900956/52‑1 (MQ=255) gAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAgcgc < 1:2627002/69‑1 (MQ=255) gAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAgcgc < 1:1841113/69‑1 (MQ=255) ttGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGa < 1:1727776/68‑1 (MQ=255) gATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAgcgc > 1:3413369/1‑64 (MQ=255) gATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTc > 1:2510538/1‑69 (MQ=255) gATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTc > 1:1448247/1‑69 (MQ=255) tGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCa < 1:324389/68‑1 (MQ=255) tGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCa < 1:2643076/68‑1 (MQ=255) tGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCa < 1:2940025/68‑1 (MQ=255) tGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCa < 1:1516367/68‑1 (MQ=255) ccGTCAGACCTGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:3010181/1‑49 (MQ=38) ccGTCAGACCGGTAAAACCTCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:997188/1‑49 (MQ=38) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCcatc > 1:3032879/1‑40 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCa > 1:2776086/1‑48 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:2585247/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:1608820/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:1526751/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:680075/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:1496576/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:577859/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:557723/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:388114/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:2204636/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:2226503/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:2362760/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:3388162/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:2587562/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:3241845/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:3229257/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:2589184/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:1332644/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:902091/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:127990/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:3087708/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:1273976/1‑49 (MQ=255) ccGTCAGACCGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGACATCATCAACCAg > 1:3409180/1‑49 (MQ=39) ccGTCAGACCGGTAAAACAGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAg > 1:204693/1‑49 (MQ=38) cGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATg > 1:2982558/1‑68 (MQ=255) cGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATg > 1:1228250/1‑68 (MQ=255) cGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATGt > 1:2306019/1‑69 (MQ=255) cGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATGt > 1:1486967/1‑69 (MQ=255) cGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATGt > 1:1748434/1‑69 (MQ=255) cGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATGt > 1:1781886/1‑69 (MQ=255) cGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATGt > 1:3299817/1‑69 (MQ=255) cGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATGt > 1:315755/1‑69 (MQ=255) cGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATGt > 1:2699131/1‑69 (MQ=255) cGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATGt > 1:2702760/1‑69 (MQ=255) cGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATGt > 1:3072200/1‑69 (MQ=255) cGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATGt > 1:2816799/1‑69 (MQ=255) | GATCCCAATCGGTCGTGGTCAGCGTGAATTGATCATCGGTGACCGTCAGACAGGTAAAACCGCACTGGCTATCGATGCCATCATCAACCAGCGCGATTCCGGTATCAAATGT > minE/2467004‑2467115 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |