| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,472,815 | C→T | 17.2% | D30D (GAC→GAT) | glmS → | L‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,472,815 | 0 | C | T | 17.2% | 112.4 / 11.8 | 69 | D30D (GAC→GAT) | glmS | L‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/35); new base T (2/10); total (24/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
AGCAGAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGACCCGCCTGCGTCGCCTCGGTA > minE/2472764‑2472876 | aGCAGAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGATTCTGCCGGTCTGGCCgt > 1:1055824/1‑69 (MQ=255)aGCAGAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGATTCTGCCGGTCTGGCCgt > 1:580813/1‑69 (MQ=255) aGAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgt < 1:1181539/69‑1 (MQ=255) gAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:1240510/69‑1 (MQ=255) gAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:46254/69‑1 (MQ=255) gAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:178169/69‑1 (MQ=255) gAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt > 1:1829319/1‑69 (MQ=255) gAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:1500554/69‑1 (MQ=255) gAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt > 1:1963119/1‑69 (MQ=255) gAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:344118/69‑1 (MQ=255) gAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:3385825/69‑1 (MQ=255) gAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt > 1:2171959/1‑69 (MQ=255) gAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:3210499/69‑1 (MQ=255) gAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt > 1:927738/1‑69 (MQ=255) gAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGCATATGACTCTGCCCGTCTGGCCcttgtt > 1:2264366/1‑69 (MQ=255) aaaTCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:832804/68‑1 (MQ=255) ccTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGAc > 1:2194316/1‑43 (MQ=255) ccTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCt > 1:420502/1‑54 (MQ=255) ccTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGa > 1:3128419/1‑66 (MQ=255) cttcttGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt > 1:1601010/1‑63 (MQ=255) cttcttGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt > 1:2849318/1‑63 (MQ=255) tcttGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGa < 1:385431/69‑1 (MQ=255) tcttGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGa < 1:1933506/69‑1 (MQ=255) tcttGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGa < 1:3219710/69‑1 (MQ=255) ggTTTACGTCGTCTGTAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCa < 1:1075940/68‑1 (MQ=255) ggTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCa < 1:3347273/68‑1 (MQ=255) ggTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCa < 1:1043703/68‑1 (MQ=255) ggTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCa < 1:1184466/68‑1 (MQ=255) ggTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCa < 1:1449127/68‑1 (MQ=255) ggTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCa < 1:1979053/68‑1 (MQ=255) ggTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCa < 1:2960154/68‑1 (MQ=255) ggTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCa < 1:371865/68‑1 (MQ=255) ggTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCa < 1:3068539/68‑1 (MQ=255) ggTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCa < 1:1539358/68‑1 (MQ=255) ttACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATg > 1:3163035/1‑69 (MQ=255) ttACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATg > 1:2793551/1‑69 (MQ=255) tACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCatat > 1:522755/1‑67 (MQ=255) tACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCatat > 1:2555967/1‑67 (MQ=255) tACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCatat > 1:2407364/1‑67 (MQ=255) tACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCatat > 1:704787/1‑67 (MQ=255) tACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCatat > 1:2093577/1‑67 (MQ=255) tACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCatat > 1:148329/1‑67 (MQ=255) tACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCatat > 1:1940945/1‑67 (MQ=255) tACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGa > 1:145729/1‑69 (MQ=255) gtcgtcTGGAATACCGCGGATATGATTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGAcc < 1:327399/68‑1 (MQ=255) gtcgtcTGGAATACCGCGGATATGATTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGAcc < 1:605827/68‑1 (MQ=255) gtcgtcTGGAATACCGCGGATATGATTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGAcc < 1:2465197/68‑1 (MQ=255) gtcgtcTGGAATACCGCGGATATGATTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGAcc < 1:3098572/68‑1 (MQ=255) gtcgtcTGGAATACCGCGGATATGATTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGAcc < 1:2795881/68‑1 (MQ=255) gtcgtcTGGAATACCGCGGATATGATTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGAcc < 1:2712757/68‑1 (MQ=255) gtcgtcTGGAATACCGCGGATATGATTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGAcc < 1:2681203/68‑1 (MQ=255) gtcgtcTGGAATACCGCGGATATGATTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGAcc < 1:1216985/68‑1 (MQ=255) gtcgtcTGGAATACCGCGGATATGATTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGAcc < 1:1963754/68‑1 (MQ=255) gtcgtcTGGAATACCGCGGATATGATTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGAcc < 1:1515125/68‑1 (MQ=255) tGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:3062293/41‑1 (MQ=255) tGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:1051777/41‑1 (MQ=255) tGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:1089289/41‑1 (MQ=255) tGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:1816667/41‑1 (MQ=255) tGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:1951063/41‑1 (MQ=255) tGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCgttgtt < 1:3303490/41‑1 (MQ=255) ccGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGACCCGCCTGCGTCGCCt > 1:1544629/1‑69 (MQ=255) ccGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGACCCGCCTGCGTCGCCt > 1:2155961/1‑69 (MQ=255) ccGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGACCCGCCTGCGTCGCCt > 1:1209595/1‑69 (MQ=255) gATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGACCCGCCTGCGTCGCCTCGGTa < 1:1872239/69‑1 (MQ=255) gATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGACCCGCCTGCGTCGCCTCGGTa < 1:1737371/69‑1 (MQ=255) gATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGACCCGCCTGCGTCGCCTCGGTa < 1:557660/69‑1 (MQ=255) gATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGACCCGCCTGCGTCGCCTCGGTa < 1:355953/69‑1 (MQ=255) gATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGACCCGCCTGCGTCGCCTCGGTa < 1:898755/69‑1 (MQ=255) gATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGACCCGCCTGCGTCGCCTCGGTa < 1:2718381/69‑1 (MQ=255) atatGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGACCCGCCTGCGTCGCCTCGGTa < 1:902591/68‑1 (MQ=255) | AGCAGAAATCCTTCTTGAAGGTTTACGTCGTCTGGAATACCGCGGATATGACTCTGCCGGTCTGGCCGTTGTTGATGCAGAAGGTCATATGACCCGCCTGCGTCGCCTCGGTA > minE/2472764‑2472876 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |