| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,473,223 | C→T | 39.3% | H166H (CAC→CAT) | glmS → | L‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,473,223 | 0 | C | T | 39.3% | 49.2 / 62.0 | 94 | H166H (CAC→CAT) | glmS | L‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/44); new base T (15/22); total (28/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
CTGCGTGCTATCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGGATGGGCG > minE/2473164‑2473284 | cTGCGTGCTATCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:623857/63‑1 (MQ=255)cTGCGTGCTATCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:3313682/63‑1 (MQ=255)cTGCGTGCTATCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:2863938/63‑1 (MQ=255)cTGCGTGCTATCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:2482043/63‑1 (MQ=255)cTGCGTGCTATCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:1760140/63‑1 (MQ=255)cTGCGTGCTATCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:1703100/63‑1 (MQ=255)cTGCGTGCTATCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:1612437/63‑1 (MQ=255)cTGCGTGCTATCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTAATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:1644029/63‑1 (MQ=255) tGCGTGCTATCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:524220/62‑1 (MQ=255) tCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTggcgg > 1:700030/1‑69 (MQ=255) tCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTggcgg > 1:2854956/1‑69 (MQ=255) tCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTggcgg > 1:2585195/1‑69 (MQ=255) ccGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCa > 1:2907537/1‑69 (MQ=255) ccGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCa > 1:2221779/1‑69 (MQ=255) gCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:1071582/49‑1 (MQ=255) gCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:2999997/43‑1 (MQ=255) gCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:3301927/69‑1 (MQ=255) tggtgCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:2769292/66‑1 (MQ=255) cGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:594811/35‑1 (MQ=255) cGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCg < 1:1053534/35‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:1306466/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:714226/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:729980/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:1371608/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:688895/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:859256/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:2405812/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:3303612/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:2269128/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:3070392/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:2765518/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:1730124/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:3260006/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:3325673/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:207998/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:2070729/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:2064945/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:92568/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:607516/60‑1 (MQ=255) gTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:2007602/60‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGTGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:1745348/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:620645/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:2628926/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:2830813/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:2855940/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:1306535/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:120853/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:850309/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:862103/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:1215020/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:2207568/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:2193779/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:2177505/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:1534531/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:2018748/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:465815/69‑1 (MQ=255) cGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:1454971/69‑1 (MQ=255) cATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTggg < 1:2266898/69‑1 (MQ=255) cATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTggg < 1:1890113/69‑1 (MQ=255) aTGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:2312625/56‑1 (MQ=255) gACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGGAt > 1:1387158/1‑68 (MQ=255) gACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGGATg > 1:449128/1‑69 (MQ=255) gACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGGATg > 1:560756/1‑69 (MQ=255) gACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGGATg > 1:1556858/1‑69 (MQ=255) gACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGGATg > 1:2043581/1‑69 (MQ=255) gACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGGATg > 1:1476195/1‑69 (MQ=255) aCTCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:2684926/40‑1 (MQ=255) aCTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGt < 1:3208961/52‑1 (MQ=255) tCCCGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTgg < 1:399676/38‑1 (MQ=255) cccGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGGATGGGc > 1:510597/1‑68 (MQ=255) cccGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGGATGGGc > 1:546920/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCAGGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGTATGGGCg > 1:1388571/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTgg > 1:2130519/1‑47 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGTGTATGGGCg > 1:10810/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGTATGGGCg > 1:677149/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGTATGGGCg > 1:974258/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGTATGGGCg > 1:983114/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGTATGGGCg > 1:309098/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGTATGGGCg > 1:1862197/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGTATGGGCg > 1:2306725/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGTATGGGCg > 1:2556639/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGTATGGGCg > 1:2569708/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGTATGGGCg > 1:2570821/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGTATGGGCg > 1:1315116/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGTATGGGCg > 1:3362470/1‑68 (MQ=255) ccGTCATCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGGTCTGGTAGTCCGCTg > 1:2585803/1‑46 (MQ=255) ccGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTg < 1:2787973/49‑1 (MQ=255) ccGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTg < 1:2811769/49‑1 (MQ=255) ccGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTg < 1:254972/49‑1 (MQ=255) ccGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTg < 1:2409859/49‑1 (MQ=255) ccGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTg < 1:2036071/49‑1 (MQ=255) ccGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTg < 1:956496/49‑1 (MQ=255) ccGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTg < 1:1568843/49‑1 (MQ=255) acGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTg < 1:2597920/48‑1 (MQ=255) | CTGCGTGCTATCCCGCAGCTGCGTGGTGCGTACGGTACAGTGATCATGGACTCCCGTCACCCGGATACCCTGCTGGCGGCACGTTCTGGTAGTCCGCTGGTGATTGGCCTGGGGATGGGCG > minE/2473164‑2473284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |