| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,474,447 | G→A | 31.9% | P574P (CCG→CCA) | glmS → | L‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,474,447 | 0 | G | A | 31.9% | 117.5 / 66.4 | 131 | P574P (CCG→CCA) | glmS | L‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/26); new base A (30/12); total (93/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TTTGTAAGTAGCGATAACATGCACATCATCGAGATGCCGCATGTGGAAGAGGTGATTGCACCGATCTTCTACACCGTTCCGCTGCAGCTGCTGGCTTACCATGTCGCGCTGATCAAAGGCACCGACG > minE/2474385‑2474511 | tttGTAAGTAGCGATAACATGCACATCATCGAGATGCCGCATGTGGAAGAGGTGATTGCACCGAtcttc < 1:2058402/69‑1 (MQ=255)tttGTAAGTAGCGATAACATGCACATCATCGAGATGCCGCATGTGGAAGAGGTGATTGCACCGAtcttc < 1:2132992/69‑1 (MQ=255)tttGTAAGTAGCGATAACATGCACATCATCGAGATGCCGCATGTGGAAGAGGTGATTGCACCGAtcttc < 1:3343264/69‑1 (MQ=255)tttGTAAGTAGCGATAACATGCACATCATCGAGATGCCGCATGTGGAAGAGGTGATTGCACCGAtcttc < 1:2020501/69‑1 (MQ=255) ttGTAAGTAGCGATAACATGCACATCATCGAGATGCCGCATGTGGAAGAGGTGATTGCACCg < 1:672084/62‑1 (MQ=255) ttGTAAGTAGCGATAACATGCACATCATCGAGATGCCGCATGTGGAAGAGGTGATTGCACCg < 1:421010/62‑1 (MQ=255) ttGTAAGTAGCGATAACATGCACATCATCGAGATGCCGCATGTGGAAGAGGTGATTGCACCg < 1:820036/62‑1 (MQ=255) ttGTAAGTAGCGATAACATGCACATCATCGAGATGCCGCATGTGGAAGAGGTGATTGCACCg < 1:2955445/62‑1 (MQ=255) ttGTAAGTAGCGATAACATGCACATCATCGAGATGCCGCATGTGGAAGAGGTGATTGCACCg < 1:135430/62‑1 (MQ=255) 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TTTGTAAGTAGCGATAACATGCACATCATCGAGATGCCGCATGTGGAAGAGGTGATTGCACCGATCTTCTACACCGTTCCGCTGCAGCTGCTGGCTTACCATGTCGCGCTGATCAAAGGCACCGACG > minE/2474385‑2474511 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |