| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,474,925 | T→C | 57.9% | S19S (AGT→AGC) | pstS → | phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,474,925 | 0 | T | C | 57.9% | 39.8 / 74.0 | 102 | S19S (AGT→AGC) | pstS | phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/25); new base C (35/24); total (53/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
ATGAAAGTTATGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGTGCTTTCTCTGTGTTTGCAGAAGCAAGCCTGACAGGTGCAGGTGCAACCTTCCCTGCGCCGGTG > minE/2474869‑2474988 | aTGAAAGTTATGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGTGCTTTCTCtgtg < 1:563354/69‑1 (MQ=255) aaaGTTATGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGTGc < 1:1777083/56‑1 (MQ=255) aaaGTTATGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGTGc < 1:3318860/56‑1 (MQ=255) aaaGTTATGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGTGc < 1:3388738/56‑1 (MQ=255) aaaGTTATGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGTGc < 1:2028043/56‑1 (MQ=255) aaaGTTATGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGTGc < 1:671765/56‑1 (MQ=255) aaaGTTATGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGTGc < 1:853068/56‑1 (MQ=255) aaaGTTATGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGTGc < 1:121661/56‑1 (MQ=255) aTGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGCGCTTTCTCTGTGTTTGCAGa > 1:2218400/1‑68 (MQ=255) aTGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGCGCTTTCTCTGTGTTTGCAGa > 1:1812299/1‑68 (MQ=255) aTGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGCGCTTTCTCTGTGTTTGCAGa > 1:3036771/1‑68 (MQ=255) aTGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGCGCTTTCTCTGTGTTTGCAGa > 1:1846847/1‑68 (MQ=255) aTGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGCGCTTTCTCTGTGTTTGCAGa > 1:2538008/1‑68 (MQ=255) aTGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGCGCTTTCTCTGTGTTTGCAGa > 1:1990018/1‑68 (MQ=255) aTGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGCGCTTTCTCTGTGTTTGCAGa > 1:3406672/1‑68 (MQ=255) aTGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGCGCTTTCTCTGTGTTTGCAGa > 1:2489026/1‑68 (MQ=255) aTGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGCGCTTTCTCTGTGTTTGCAGa > 1:2100204/1‑68 (MQ=255) aTGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGCGCTTTCTCTGTGTTTGCAGa > 1:2165025/1‑68 (MQ=255) aTGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGCGCTTTCTCTGTGTTTGCAGa > 1:325712/1‑68 (MQ=255) aTGCGTACCACCGTCGCAACTGTTGTCGCCGCGACCTTATCGATGAGCGCTTTCTCTGTGTTTGCAGa > 1:2449104/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |