| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,475,514 | A→G | 18.2% | I216V (ATT→GTT) | pstS → | phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,475,514 | 0 | A | G | 18.2% | 166.4 / 25.0 | 110 | I216V (ATT→GTT) | pstS | phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/49); new base G (4/16); total (44/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGAACAACCTGGCGTACACCAAACTGATCTCCGCT > minE/2475447‑2475579 | gCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGTGTGCAAt > 1:835765/1‑69 (MQ=255)gCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAAt > 1:2924790/1‑69 (MQ=255)gCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAAt > 1:2461826/1‑69 (MQ=255)gCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAAt > 1:558382/1‑69 (MQ=255) agcGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGt < 1:1743767/67‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGt < 1:2731190/69‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGt < 1:2497856/69‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGt < 1:1881325/69‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGGGAGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGt < 1:1221031/69‑1 (MQ=255) cGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGtt > 1:1364428/1‑68 (MQ=255) cGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTa > 1:2130620/1‑69 (MQ=255) cGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTa > 1:510271/1‑69 (MQ=255) cGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTa > 1:287683/1‑69 (MQ=255) cGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTa > 1:1684084/1‑69 (MQ=255) cGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTa > 1:1643283/1‑69 (MQ=255) cGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTa > 1:595117/1‑69 (MQ=255) cGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTa > 1:2782763/1‑69 (MQ=255) cGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTa > 1:1183344/1‑69 (MQ=255) cGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTa > 1:1281720/1‑69 (MQ=255) cGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTa > 1:2421756/1‑69 (MQ=255) cGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTa > 1:243422/1‑69 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:1465186/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:2123929/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:2881032/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:3099747/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:3308495/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:1709731/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:2864898/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:166572/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:1370377/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:2850108/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:1510569/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:2839019/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:1396342/69‑1 (MQ=255) tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTACGTTg < 1:1319161/69‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa < 1:2280954/67‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa < 1:2146859/67‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa < 1:2631956/67‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa < 1:2145462/67‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa < 1:481079/67‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa < 1:1212328/67‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa < 1:316822/67‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa < 1:847088/67‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa < 1:1583567/67‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCATCTGCCGTGTGCAATTGGt < 1:2155080/58‑1 (MQ=255) ggTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTa < 1:1670798/68‑1 (MQ=255) ggTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTa < 1:1483066/68‑1 (MQ=255) ggTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTa < 1:279962/68‑1 (MQ=255) ggTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTa < 1:1349367/68‑1 (MQ=255) ggTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTa < 1:3300957/68‑1 (MQ=255) ggTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTa < 1:1294299/68‑1 (MQ=255) ggTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTa < 1:1248015/68‑1 (MQ=255) ggTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTa < 1:2467858/68‑1 (MQ=255) ggTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTa < 1:1939051/68‑1 (MQ=255) ggTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTa < 1:117398/68‑1 (MQ=255) ggTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTa < 1:2565729/68‑1 (MQ=255) aaCGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTAcgcg < 1:398009/69‑1 (MQ=255) aaCGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTAcgcg < 1:306264/69‑1 (MQ=255) aaCGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTAcgcg < 1:2542974/69‑1 (MQ=255) aaCGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTAcgcg < 1:822865/69‑1 (MQ=255) acgacgGTATCGCGGCGTTCGTTGAGCGTCTGCCGGGTGCATTTGGTTATGTTGaa < 1:2119322/56‑1 (MQ=255) acgacgGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTTCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa > 1:2768366/1‑56 (MQ=255) acgacgGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGt < 1:2314476/47‑1 (MQ=255) acgacgGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa > 1:2401484/1‑56 (MQ=255) acgacgGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa > 1:326405/1‑56 (MQ=255) acgacgGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa > 1:2996183/1‑56 (MQ=255) acgacgGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa > 1:3074074/1‑56 (MQ=255) gTATCGGCGCGTTCGTTCCGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAg > 1:443167/1‑68 (MQ=255) gTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAg > 1:2605853/1‑68 (MQ=255) gTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCAGGGTGCAGTTGGTTACGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAg > 1:1132699/1‑68 (MQ=255) aTCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAAt > 1:1141401/1‑35 (MQ=255) aTCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTg > 1:892953/1‑37 (MQ=255) aTCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGa > 1:2077141/1‑47 (MQ=255) aTCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaac > 1:203605/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaac > 1:1984592/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaac > 1:2157330/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaac > 1:630804/1‑69 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAata > 1:2893534/1‑47 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATTCt < 1:1314006/51‑1 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCt < 1:496917/51‑1 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCt < 1:493734/51‑1 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCt < 1:722279/51‑1 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCt < 1:946724/51‑1 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCt < 1:2367425/51‑1 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCt < 1:1335981/51‑1 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCt < 1:1404259/51‑1 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCt < 1:2151564/51‑1 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCt < 1:2179484/51‑1 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCt < 1:3368640/51‑1 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaacaac > 1:2014121/1‑69 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaaca > 1:3244349/1‑67 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaaca > 1:3359347/1‑67 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaaca > 1:739377/1‑67 (MQ=255) gccgcGATCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaaca > 1:440568/1‑67 (MQ=255) tGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGAACAACCTGGCGTACACCAAACTGATCTCCg > 1:2448054/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |