| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,475,522 | T→C | 21.3% | Y218Y (TAT→TAC) | pstS → | phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,475,522 | 0 | T | C | 21.3% | 134.6 / 27.9 | 98 | Y218Y (TAT→TAC) | pstS | phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/47); new base C (4/17); total (34/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGAACAACCTGGCGTACACCAAACTGATCTCCGCTGATGGTA > minE/2475458‑2475586 | tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:1709731/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:166572/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:2881032/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:2864898/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:2445017/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:1510569/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:2850108/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:1465186/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:3308495/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:1396342/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:1370377/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:2839019/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:131615/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:1916582/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:3099747/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAGTTGGTTACGTTg < 1:2123929/69‑1 (MQ=255)tGGGCGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTACGTTg < 1:1319161/69‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa < 1:2145462/67‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGTAACGACGGTATCGCCGCGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGaa < 1:2280954/67‑1 (MQ=255) 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> 1:2014121/1‑69 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaaca > 1:3244349/1‑67 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaaca > 1:739377/1‑67 (MQ=255) gccgcGTTCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaaca > 1:3359347/1‑67 (MQ=255) gccgcGATCGTTCAGCGTCTGCCGGGTGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGaaca > 1:440568/1‑67 (MQ=255) tGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGAACAACCTGGCGTACACCAAACTGATCTCCg > 1:2448054/1‑68 (MQ=255) tGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGAACAACCTGGCGTACACCAAACTGATCTCCg > 1:1701975/1‑68 (MQ=255) tGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGAACAACCTGGCGTACACCAAACTGATCTCCg > 1:3404763/1‑68 (MQ=255) tGCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGAACAACCTGGCGTACACCAAACTGATCTCCg > 1:1583210/1‑68 (MQ=255) gCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGAACAACCTGGCGTACACCAAACTGATCTCCGCt < 1:3091916/69‑1 (MQ=255) gCAATTGGTTATGTTGAATATGCTTACGCGAAGCAGAACAACCTGGCGTACACCAAACTGATCTCCGCt < 1:3095988/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |