| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,476,277 | C→T | 20.8% | F94F (TTC→TTT) | pstC → | phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,476,277 | 0 | C | T | 20.8% | 154.1 / 27.7 | 105 | F94F (TTC→TTT) | pstC | phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/41); new base T (15/7); total (57/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCCGATCTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTGCGCCTGGCTGGCTGAAACGCCCGCTGGGTATCGCC > minE/2476214‑2476340 | gCCGATCTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGt < 1:2328590/67‑1 (MQ=255)gCCGATCTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGt < 1:2520860/67‑1 (MQ=255)gCCGATCTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGt < 1:11793/67‑1 (MQ=255)gCCGATCTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGt < 1:1702733/67‑1 (MQ=255)gCCGATCTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGt < 1:1444911/67‑1 (MQ=255)gCCGATCTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGt < 1:1423381/67‑1 (MQ=255)gCCGATCTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGt < 1:1376778/67‑1 (MQ=255) gATCTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCg < 1:520765/68‑1 (MQ=255) aTCTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCg < 1:38168/67‑1 (MQ=255) cTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTAt > 1:2191172/1‑63 (MQ=255) cTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCt > 1:1582792/1‑69 (MQ=255) cTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCt > 1:2018201/1‑69 (MQ=255) cTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCt > 1:1831254/1‑69 (MQ=255) cTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCt > 1:3006885/1‑69 (MQ=255) cTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCt > 1:3207877/1‑69 (MQ=255) cTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCt > 1:3339581/1‑69 (MQ=255) cTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCt > 1:495332/1‑69 (MQ=255) cTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCACCGTCCCGGTGAGTTTCGGt < 1:1404240/61‑1 (MQ=255) cTACGGTACGTTGGTGACTTCGTTTATAGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCt > 1:663767/1‑69 (MQ=255) gTACGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTg < 1:1165213/65‑1 (MQ=255) cGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCctga > 1:325005/1‑69 (MQ=255) cGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCctga > 1:669528/1‑69 (MQ=255) cGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCctga > 1:802671/1‑69 (MQ=255) cGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCctga > 1:2951199/1‑69 (MQ=255) cGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCctga > 1:1966305/1‑69 (MQ=255) cGTTGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCctga > 1:1327566/1‑69 (MQ=255) tGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCg < 1:2325389/54‑1 (MQ=255) tGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCg < 1:573831/54‑1 (MQ=255) tGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCg < 1:2271497/54‑1 (MQ=255) tGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCg < 1:582097/54‑1 (MQ=255) tGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCg < 1:1285057/54‑1 (MQ=255) tGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCg < 1:1125866/54‑1 (MQ=255) tGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCg < 1:2118329/54‑1 (MQ=255) tGGTGACTTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCg < 1:1307344/54‑1 (MQ=255) tGGTGACCTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTTGGTATCGCCCTGTTCctgaccg > 1:1138424/1‑67 (MQ=255) tGGTGACCTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTTGGTATCGCCCTGTTCctgaccg > 1:2476821/1‑67 (MQ=255) tGGTGACCTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTTGGTATCGCCCTGTTCctgaccg > 1:2165110/1‑67 (MQ=255) tGGTGACCTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTTGGTATCGCCCTGTTCctgaccg > 1:2536214/1‑67 (MQ=255) tGGTGACCTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTTGGTATCGCCCTGTTCctgaccg > 1:2864540/1‑67 (MQ=255) tGGTGACCTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTTGGTATCGCCCTGTTCctgaccg > 1:2890197/1‑67 (MQ=255) tGGTGACCTCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTTGGTATCGCCCTGTTCctgaccg > 1:157425/1‑67 (MQ=255) 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ttCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTgc > 1:1578389/1‑69 (MQ=255) ttCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTgc > 1:1676134/1‑69 (MQ=255) ttCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTgc > 1:176918/1‑69 (MQ=255) ttCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTgc > 1:741812/1‑69 (MQ=255) ttCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTgc > 1:72263/1‑69 (MQ=255) ttCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTgc > 1:2291366/1‑69 (MQ=255) tCGTTTATCGCGCTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTgcg < 1:1727520/69‑1 (MQ=255) gcgcTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTTGGTATCGCCCTGTTCCTGACCGAGCTTGCGCctggctgg < 1:2159907/69‑1 (MQ=255) gcgcTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTTGGTATCGCCCTGTTCCTGACCGAGCTTGCGCctggctgg < 1:2086194/69‑1 (MQ=255) gcgcTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTTGGTATCGCCCTGTTCCTGACCGAGCTTGCGCctggctgg < 1:2948314/69‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gcgcTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTGCGCctggctgg > 1:2381021/1‑69 (MQ=255) gcgcTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTGCGCctggctgg > 1:2404964/1‑69 (MQ=255) gcgcTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTGCGCctggctgg > 1:2686078/1‑69 (MQ=255) gcgcTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTGCGCctggctg < 1:1120986/68‑1 (MQ=255) gcgcTGCTGATCGCCGTCCCGGTGAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTGCGCctggctg < 1:573620/68‑1 (MQ=255) gAGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTGCGCCTGGCTGGCTGAAACGCCCGCTGGGTATCGc < 1:3084888/69‑1 (MQ=255) aGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTGCGCCTGGCTGGCTGAAACGCCCGCTGGGTATCGcc < 1:85653/69‑1 (MQ=255) aGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTGCGCCTGGCTGGCTGAAACGCCCGCTGGGTATCGcc < 1:510034/69‑1 (MQ=255) aGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTGCGCCTGGCTGGCTGAAACGCCCGCTGGGTATCGcc < 1:3411035/69‑1 (MQ=255) aGTTTCGGTATCGCCCTGTTCCTGACTGAGCTTGCGCCTGGCTGGCTGAAACGCCCGCTGGGTATCGcc < 1:2270776/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |