| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,481,132 | C→T | 27.4% | T194T (ACG→ACA) ‡ | yidZ ← | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,481,132 | 0 | C | T | 27.4% | 201.6 / 73.0 | 174 | T194T (ACG→ACA) ‡ | yidZ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (85/41); new base T (30/18); total (115/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
GTATCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTC > minE/2481070‑2481197 | gTATCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa < 1:1119577/69‑1 (MQ=255) aTCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa > 1:905904/1‑67 (MQ=255) aTCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa > 1:835081/1‑67 (MQ=255) aTCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa > 1:2546224/1‑67 (MQ=255) aTCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa > 1:369387/1‑67 (MQ=255) tCGCTCTGTTCGCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGc < 1:1072258/69‑1 (MQ=255) tCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGc < 1:2821636/69‑1 (MQ=255) tCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGc < 1:835547/69‑1 (MQ=255) tCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGc < 1:2181324/69‑1 (MQ=255) cGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCa > 1:2601273/1‑69 (MQ=255) cGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCa > 1:2064114/1‑69 (MQ=255) cGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCa > 1:208547/1‑69 (MQ=255) cGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCa > 1:1623991/1‑69 (MQ=255) cGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCa > 1:3220808/1‑69 (MQ=255) cGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCa > 1:1554841/1‑69 (MQ=255) cGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCa > 1:803509/1‑69 (MQ=255) cGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCa > 1:848433/1‑69 (MQ=255) ctGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGc > 1:361994/1‑69 (MQ=255) ctGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGc > 1:46769/1‑69 (MQ=255) ctGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGc > 1:2523197/1‑69 (MQ=255) ctGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGc > 1:1902545/1‑69 (MQ=255) ctGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGAT‑ACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGc > 1:2930374/1‑68 (MQ=255) cccAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgat > 1:1593375/1‑69 (MQ=255) cccAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgat > 1:2390164/1‑69 (MQ=255) gaGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgatg < 1:896722/67‑1 (MQ=255) cAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgatg < 1:1047771/68‑1 (MQ=255) cAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgatg < 1:1986444/68‑1 (MQ=255) cAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgatg < 1:47765/68‑1 (MQ=255) cAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgatg < 1:574916/68‑1 (MQ=255) aGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGc < 1:1654148/56‑1 (MQ=255) cGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGa < 1:2634017/68‑1 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:271280/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:28078/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:964826/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:2318284/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:2290553/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:1221035/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:1380655/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:1964424/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTACACGTTTGATGCAGTGCCGCATGATCttt > 1:340069/1‑52 (MQ=255) gTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGca < 1:2301073/69‑1 (MQ=255) gTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGca < 1:148157/69‑1 (MQ=255) gTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGca < 1:1641906/69‑1 (MQ=255) gTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGca < 1:2294087/69‑1 (MQ=255) gtgtCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTa < 1:2388188/69‑1 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg < 1:2875299/69‑1 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg < 1:3175819/69‑1 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg < 1:2888277/69‑1 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:304445/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg < 1:3071626/69‑1 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:3104312/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:1562405/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:3240842/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:387639/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:513534/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:1813124/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg < 1:2508112/69‑1 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:2115169/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:2030833/1‑69 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:1770651/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:1230040/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:2414469/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:1337805/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:2464140/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:1451641/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:2534770/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:3327277/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:3216309/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:3085524/68‑1 (MQ=255) gATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACt > 1:729629/1‑61 (MQ=255) gATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTa > 1:1232115/1‑62 (MQ=255) gATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTa > 1:632351/1‑62 (MQ=255) gATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTa > 1:278656/1‑62 (MQ=255) gATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:483003/68‑1 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:672929/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:589555/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:536080/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:528942/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2954181/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2750300/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:375005/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:1263849/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2688364/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2855380/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:1124201/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:3189820/1‑57 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTGAc > 1:1031557/1‑38 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAAc > 1:1288086/1‑38 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAAc > 1:2897005/1‑38 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAAc > 1:3327444/1‑38 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAAc > 1:3132228/1‑38 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAAc > 1:256835/1‑38 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAAc > 1:3140840/1‑38 (MQ=255) cACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACtt > 1:2165620/1‑67 (MQ=255) cACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACtt > 1:88732/1‑67 (MQ=255) cACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTc > 1:1895791/1‑68 (MQ=255) cACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTc > 1:3264047/1‑68 (MQ=255) cACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTc > 1:2229048/1‑68 (MQ=255) cACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTc > 1:1173400/1‑68 (MQ=255) cACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTc > 1:91252/1‑68 (MQ=255) | GTATCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTC > minE/2481070‑2481197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |