| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,481,137 | G→C | 25.1% | Q193E (CAA→GAA) | yidZ ← | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,481,137 | 0 | G | C | 25.1% | 301.2 / 105.3 | 191 | Q193E (CAA→GAA) | yidZ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (84/59); new base C (30/18); total (114/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
GTATCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTCATAATC > minE/2481070‑2481203 | gTATCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa < 1:1119577/69‑1 (MQ=255)gTATCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa < 1:188926/69‑1 (MQ=255)gTATCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa < 1:1639581/69‑1 (MQ=255) aTCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa > 1:905904/1‑67 (MQ=255) aTCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa > 1:835081/1‑67 (MQ=255) aTCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa > 1:2546224/1‑67 (MQ=255) aTCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa > 1:2436024/1‑67 (MQ=255) aTCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa > 1:3362861/1‑67 (MQ=255) aTCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGa > 1:369387/1‑67 (MQ=255) tCGCTCTGTTCGCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGc < 1:1072258/69‑1 (MQ=255) tCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGc < 1:2701911/69‑1 (MQ=255) tCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGc < 1:2057420/69‑1 (MQ=255) tCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGc < 1:2109628/69‑1 (MQ=255) tCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGc < 1:3099678/69‑1 (MQ=255) cGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCa > 1:3220808/1‑69 (MQ=255) cGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCa > 1:803509/1‑69 (MQ=255) ctGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGc > 1:2523197/1‑69 (MQ=255) ctGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGc > 1:1902545/1‑69 (MQ=255) ctGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGc > 1:1161030/1‑69 (MQ=255) ctGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGAT‑ACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGc > 1:2930374/1‑68 (MQ=255) cccAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgat > 1:1593375/1‑69 (MQ=255) cccAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgat > 1:56272/1‑69 (MQ=255) cccAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgat > 1:580035/1‑69 (MQ=255) cccAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgat > 1:2880292/1‑69 (MQ=255) cccAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgat > 1:2390164/1‑69 (MQ=255) cAGCAAATGCTGATATGCGTATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgatg < 1:844406/68‑1 (MQ=255) cAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgatg < 1:1047771/68‑1 (MQ=255) cAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgatg < 1:1986444/68‑1 (MQ=255) cAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgatg < 1:47765/68‑1 (MQ=255) cAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGgatg < 1:1293489/68‑1 (MQ=255) aGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGc < 1:1654148/56‑1 (MQ=255) cGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGa < 1:2634017/68‑1 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:28078/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:964826/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:2318284/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:2290553/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:1380655/1‑68 (MQ=255) aaCGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAg > 1:1964424/1‑68 (MQ=255) gTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGca < 1:2301073/69‑1 (MQ=255) gTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGca < 1:2294087/69‑1 (MQ=255) gTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGca < 1:3206151/69‑1 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg < 1:448088/69‑1 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:387639/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:513534/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:3240842/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:1562405/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:304445/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg > 1:1813124/1‑69 (MQ=255) cAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAg < 1:2508112/69‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:2199346/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:3079480/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:1451641/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:3436337/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:2534770/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:2414469/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:3327277/68‑1 (MQ=255) gATTCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:1770651/68‑1 (MQ=255) gATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACt > 1:729629/1‑61 (MQ=255) gATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTa > 1:1232115/1‑62 (MQ=255) gATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTa > 1:632351/1‑62 (MQ=255) gATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTa > 1:278656/1‑62 (MQ=255) gATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGc < 1:483003/68‑1 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2246840/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:1544636/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:375005/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2323630/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2082788/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:3188867/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:31484/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:528942/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2166330/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:589555/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2954181/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:697838/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:1201463/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2859114/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2845182/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:89400/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2750300/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:1263849/1‑57 (MQ=255) tCCATGCTTCATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCAc > 1:2688364/1‑57 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTGAc > 1:1031557/1‑38 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAAc > 1:2897005/1‑38 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAAc > 1:2473766/1‑38 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAAc > 1:256835/1‑38 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAAc > 1:1222513/1‑38 (MQ=255) tCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAAc > 1:3132228/1‑38 (MQ=255) cACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGCCGCAGGGCACATCACTAAAc > 1:1475544/1‑60 (MQ=255) cACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTc > 1:859638/1‑68 (MQ=255) cACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTc > 1:3264047/1‑68 (MQ=255) cACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTc > 1:91252/1‑68 (MQ=255) ttGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTCATAATc < 1:3117008/69‑1 (MQ=255) ttGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTCATAATc < 1:1275834/69‑1 (MQ=255) ttGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTCATAATc < 1:161636/69‑1 (MQ=255) ttGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTCATAATc < 1:3062721/69‑1 (MQ=255) ttGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTCATAATc < 1:2902807/69‑1 (MQ=255) ttGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTCATAATc < 1:1994575/69‑1 (MQ=255) ttGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTCATAATc < 1:2605717/69‑1 (MQ=255) ttGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTCATAATc < 1:2143468/69‑1 (MQ=255) ttGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTCATAATc < 1:336775/69‑1 (MQ=255) | GTATCGCTCTGTTCCCAGCAAATGCTGATATGCGGATAACGTAAGAAGGTGTCCAGATTCCACGTTTGATGCAGTGCCGGATGATCTTTGCGTAACCAGACGCAGGGCACATCACTAAACAGCACTTCATAATC > minE/2481070‑2481203 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |