| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 210,374 | A→C | 45.9% | P143P (CCA→CCC) | yafD → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 210,374 | 0 | A | C | 45.9% | ‑0.5 / 70.3 | 61 | P143P (CCA→CCC) | yafD | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/24); new base C (13/15); total (22/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTACGTGAACGAGAACCCATTTTGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGAT > minE/210314‑210440 | gTTACGTGAACGATAACCCATTTTGCGTCTGTCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGa < 1:2399778/69‑1 (MQ=255) agaACCCATTTTGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGtt < 1:3334188/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:1021863/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:2444777/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:2665432/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:2262228/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:2111663/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:3124726/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:589556/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:1331202/69‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:484829/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1018716/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1073260/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1101081/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1167411/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1919621/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1905456/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:3054349/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1193359/68‑1 (MQ=255) ggCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaa < 1:461876/69‑1 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACCCTCGCCTGTTGATGGTGGTTAat > 1:831206/3‑53 (MQ=38) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATTTACACGCCGTCaat > 1:325738/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATaca > 1:418164/3‑58 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:2908563/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:2740091/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:676629/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:2693235/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:2535621/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:2448376/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:1829505/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:1743202/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:1048526/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:2437415/3‑67 (MQ=255) cACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaa < 1:1837500/67‑1 (MQ=255) cTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1938127/49‑1 (MQ=255) ggTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAg > 1:2860485/1‑69 (MQ=255) ggTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAg > 1:1768487/1‑69 (MQ=255) ggTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAg > 1:1786867/1‑69 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:900574/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:752889/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:1325338/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:612618/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:552856/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:3412077/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:947407/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:3374814/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:1844598/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:3067825/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:1873445/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:1933302/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCCGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:2337442/66‑1 (MQ=255) cTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGcc < 1:931609/49‑1 (MQ=255) cTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCg > 1:3229807/1‑68 (MQ=255) cTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCg > 1:524965/1‑68 (MQ=255) cTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCg > 1:1680737/1‑68 (MQ=255) cTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCg > 1:229345/1‑68 (MQ=255) cTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCg > 1:2685542/1‑68 (MQ=255) tATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:315453/65‑1 (MQ=255) tATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:2516940/65‑1 (MQ=255) tATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTg < 1:669640/69‑1 (MQ=255) ccATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGAt > 1:3052479/1‑69 (MQ=255) | GTTACGTGAACGAGAACCCATTTTGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGAT > minE/210314‑210440 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |