| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 210,386 | C→T | 31.3% | T147T (ACC→ACT) | yafD → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 210,386 | 0 | C | T | 31.3% | 82.7 / 42.3 | 89 | T147T (ACC→ACT) | yafD | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/28); new base T (13/15); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
AGAACCCATTTTGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTCTA > minE/210326‑210445 | agaACCCATTTTGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGtt < 1:3334188/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:1021863/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:3124726/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:2444777/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:2111663/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:2262228/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:2665432/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:1331202/69‑1 (MQ=255) tttGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATggtggt < 1:589556/69‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1018716/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1905456/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1919621/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:3054349/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:484829/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1193359/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1167411/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1101081/68‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1073260/68‑1 (MQ=255) ggCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaa < 1:461876/69‑1 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACCCTCGCCTGTTGATGGTGGTTAat > 1:831206/3‑53 (MQ=38) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATTTACACGCCGTCaat > 1:325738/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATaca > 1:418164/3‑58 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:2693235/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:2740091/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:2437415/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:2908563/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:2448376/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:2535621/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:1829505/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:1743202/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:1048526/3‑67 (MQ=255) cccTGGTGACGGTCTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaat > 1:676629/3‑67 (MQ=255) cACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCaa < 1:1837500/67‑1 (MQ=255) cTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTa < 1:1938127/49‑1 (MQ=255) ggTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAg > 1:1786867/1‑69 (MQ=255) ggTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAg > 1:1768487/1‑69 (MQ=255) ggTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAg > 1:2860485/1‑69 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:947407/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:3374814/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:900574/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:752889/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:612618/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:552856/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:3412077/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:3067825/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:1844598/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:1325338/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:1933302/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:1873445/66‑1 (MQ=255) cTATCCCTTACCTGACACTCGCCCGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:2337442/66‑1 (MQ=255) cTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGcc < 1:931609/49‑1 (MQ=255) cTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCg > 1:1680737/1‑68 (MQ=255) cTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCg > 1:2685542/1‑68 (MQ=255) cTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCg > 1:229345/1‑68 (MQ=255) cTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCg > 1:524965/1‑68 (MQ=255) cTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCg > 1:3229807/1‑68 (MQ=255) tATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:2516940/65‑1 (MQ=255) tATCCCTTACCTGACACTCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAATTTCAGTCTggg < 1:315453/65‑1 (MQ=255) tATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTg < 1:669640/69‑1 (MQ=255) ccATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGAt > 1:3052479/1‑69 (MQ=255) tACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTggg > 1:536297/1‑58 (MQ=255) tACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTggg > 1:1032980/1‑58 (MQ=255) tACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTggg > 1:1016575/1‑58 (MQ=255) tACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTggg > 1:2499373/1‑58 (MQ=255) tACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTggg > 1:1995920/1‑58 (MQ=255) tACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:3254994/1‑68 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCa > 1:3336900/1‑44 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTgg > 1:920389/1‑56 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:1851806/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:2415250/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:2301348/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:1175132/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:1268984/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:2949643/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:196861/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:1424878/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:601899/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:1437272/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:1582376/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:1855683/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:1689797/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:400620/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:3425769/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTc > 1:3417242/1‑67 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTCta < 1:1568460/69‑1 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTCta < 1:3197893/69‑1 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTCta < 1:887140/69‑1 (MQ=255) aCCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTCta < 1:1730968/69‑1 (MQ=255) cTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTCta < 1:352378/67‑1 (MQ=255) | AGAACCCATTTTGCGTCTGGCGAAGTCGGCACTGGTGACGGTCTATCCATTACCTGACACCCGCCTGTTGATGGTGGTTAATATACACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTCTA > minE/210326‑210445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |