| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,494,338 | T→C | 100% | L116L (TTG→CTG) | ibpA → | heat shock chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,494,338 | 0 | T | C | 80.2% | 96.3 / 13.5 | 65 | L116L (TTG→CTG) | ibpA | heat shock chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/10); new base C (0/52); total (3/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGATTCCGGAAGCGAAAAAACCGCGCCGTATCGAAATCAACT > minE/2494276‑2494404 | ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:731889/66‑1 (MQ=255)ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:111023/66‑1 (MQ=255)ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:3398715/66‑1 (MQ=255)ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:1311878/66‑1 (MQ=255)ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:1355661/66‑1 (MQ=255)ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:3209615/66‑1 (MQ=255)ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:3139133/66‑1 (MQ=255) gCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGCTGTATATCg < 1:2246706/69‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTTCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2145159/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:3158321/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2192341/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2470830/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:1030271/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2509396/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:25871/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2688506/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:271027/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2938271/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:3130527/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2496558/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:3238434/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:3258053/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:3376702/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:378658/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:848692/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2021994/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:1502923/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:1612116/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:1901243/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:1981571/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2018113/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2070315/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCAGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2439223/65‑1 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGt > 1:3368880/1‑69 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGt > 1:1448808/1‑69 (MQ=255) aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGt > 1:1679795/1‑69 (MQ=255) gCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:1961136/46‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTTTTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1760590/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:3367822/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:2323544/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1257270/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1173193/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:500702/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:567861/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:602162/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:665187/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:706447/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:802622/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:817144/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1089280/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:3313112/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:3293862/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1466038/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1494605/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1521709/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1545526/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:3042379/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:3009332/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:2988773/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:2788468/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:2623882/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:2257952/69‑1 (MQ=255) tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1910193/69‑1 (MQ=255) gagaACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1466336/68‑1 (MQ=255) gTTTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGATTCCGGAAGCGAAAAAACCGCGCCGTATCGAAATCAACt < 1:1090544/69‑1 (MQ=255) | TTGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGATTCCGGAAGCGAAAAAACCGCGCCGTATCGAAATCAACT > minE/2494276‑2494404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |