| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,497,272 | C→T | 42.4% | L6F (CTC→TTC) | ivbL → | ilvB operon leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,497,272 | 0 | C | T | 42.4% | 21.5 / 46.7 | 66 | L6F (CTC→TTC) | ivbL | ilvB operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/17); new base T (15/13); total (36/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
AATATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGGTCGTC > minE/2497223‑2497340 | aaTATTGTTAAACACAAATCCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:406637/1‑59 (MQ=255)aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTAGTTCCATGCTCAACGCaa > 1:92070/1‑59 (MQ=255)aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:2345231/1‑59 (MQ=255)aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:2414143/1‑59 (MQ=255)aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:2473548/1‑59 (MQ=255)aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:2597420/1‑59 (MQ=255)aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:2709219/1‑59 (MQ=255)aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:3004272/1‑59 (MQ=255)aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCaa > 1:581644/1‑59 (MQ=255)aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTAcc < 1:1288167/69‑1 (MQ=255)aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTAcc < 1:3368489/69‑1 (MQ=255)aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTAcc < 1:1659843/69‑1 (MQ=255)aaTATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTAcc < 1:3422416/69‑1 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCTAAACTACTACCaa > 1:2846942/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCTAAACTACTACCaa > 1:2843075/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:3280945/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:3277213/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:3401564/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:2855186/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:2852890/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:3405449/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:631080/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:2358444/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:105282/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:1038776/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:1715057/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCaa > 1:2035389/1‑69 (MQ=255) tatTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCa > 1:1731514/1‑68 (MQ=255) atTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAAc > 1:2871312/1‑69 (MQ=255) cacaAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATc > 1:2048721/1‑69 (MQ=255) 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< 1:1956753/66‑1 (MQ=255) aaCCAACAAGGTCCCTAATGACTACTTCCATGTTCAACGAAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:3093947/66‑1 (MQ=255) aCCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCcgccgc < 1:2686689/69‑1 (MQ=255) ccAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCa < 1:2443875/69‑1 (MQ=255) acaaGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTg < 1:1119226/69‑1 (MQ=255) acaaGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTg < 1:2226227/69‑1 (MQ=255) ctaaTGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:2360285/50‑1 (MQ=255) taaTGACTACTTCCATGTTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATccg < 1:488115/50‑1 (MQ=255) tGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACAAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTcgtgcgtg < 1:894000/69‑1 (MQ=255) tactTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt > 1:2344061/1‑69 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:383524/64‑1 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:350053/64‑1 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:1387453/64‑1 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:3142574/64‑1 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:2731107/64‑1 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:2514753/64‑1 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:2513431/64‑1 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTgtggt < 1:2429641/64‑1 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:2879453/1‑69 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:528969/1‑69 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:287126/1‑69 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:2292091/1‑69 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:706338/1‑69 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:2833910/1‑69 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:1788628/1‑69 (MQ=255) ccATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGtggtggtgg > 1:1867912/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:106659/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:1078729/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:21852/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:35213/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:1238064/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:3085525/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:3045814/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:1592968/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:2881257/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:1749977/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:1754851/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgt > 1:1155893/1‑68 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCACCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:66189/1‑69 (MQ=255) cTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCACCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGgtcgtc > 1:2503680/1‑69 (MQ=255) | AATATTGTTAAACACAAAACCAACAAGGTCCCCAATGACTACTTCCATGCTCAACGCAAAACTACTACCAACTGCGCCATCCGCCGCAGTGGTCGTCGTGCGTGTGGTGGTGGTCGTC > minE/2497223‑2497340 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |