| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,498,663 | T→C | 42.6% | A401A (GCT→GCC) | ilvB → | acetolactate synthase I, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,498,663 | 0 | T | C | 42.6% | 11.9 / 39.6 | 54 | A401A (GCT→GCC) | ilvB | acetolactate synthase I, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/12); new base C (7/16); total (26/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
CTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCGGTGGGCTGGGCACGATGGGTT > minE/2498597‑2498721 | cTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTa > 1:1141094/1‑69 (MQ=255)cTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTa < 1:3342673/69‑1 (MQ=255)cTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTa > 1:323637/1‑69 (MQ=255)cTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTa < 1:2076421/69‑1 (MQ=255)cTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTa < 1:429952/69‑1 (MQ=255) gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:1179183/1‑69 (MQ=255) gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:1488751/1‑69 (MQ=255) gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:1180360/1‑69 (MQ=255) gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:297135/1‑69 (MQ=255) gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:2763560/1‑69 (MQ=255) gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:498126/1‑69 (MQ=255) gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:275021/1‑69 (MQ=255) gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGGATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTc > 1:1968724/1‑69 (MQ=255) gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCt > 1:2834901/1‑68 (MQ=255) gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTc > 1:652412/1‑69 (MQ=255) gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTc > 1:2658164/1‑69 (MQ=255) gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTc > 1:1291139/1‑69 (MQ=255) gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTc > 1:1562188/1‑69 (MQ=255) gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTc > 1:598057/1‑69 (MQ=255) gCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATAGcc > 1:1019774/1‑67 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCTCTCAATCGccc < 1:204628/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCACTCGccc < 1:3463/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:2693/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:2665709/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:3319656/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:3087664/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:3415227/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:2085378/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:373539/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:1975392/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:1917228/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:479309/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:533057/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:1578970/65‑1 (MQ=255) aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:1577656/65‑1 (MQ=255) aTTATAACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGACTATCCGCTCAATCGccc < 1:67214/65‑1 (MQ=255) tATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCTGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGcc < 1:2051233/68‑1 (MQ=255) tATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGcc < 1:1321695/68‑1 (MQ=255) tATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGcc < 1:1613160/68‑1 (MQ=255) aTCACCACTGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAg > 1:2314814/1‑69 (MQ=255) aTCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAg > 1:217958/1‑69 (MQ=255) ctccGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCGCAATCGCCCACGCCAGTGGCt < 1:383380/67‑1 (MQ=255) caccGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCt < 1:39184/69‑1 (MQ=255) caccGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCt < 1:1527736/69‑1 (MQ=255) tGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCgg > 1:251198/1‑69 (MQ=255) tGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCgg > 1:258777/1‑69 (MQ=255) tGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCgg > 1:3114867/1‑69 (MQ=255) tGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCgg > 1:3096622/1‑69 (MQ=255) tCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCa < 1:2973298/38‑1 (MQ=255) ccGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCGGTGGGCTGGGCACGATGGGtt > 1:2000162/1‑69 (MQ=255) ccGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCGGTGGGCTGGGCACGATGGGtt > 1:1885244/1‑69 (MQ=255) ccGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCGGTGGGCTGGGCACGATGGGtt > 1:144627/1‑69 (MQ=255) ccGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCGGTGGGCTGGGCACGATGGGt < 1:16237/68‑1 (MQ=255) ccGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCGGTGGGCTGGGCACGATGGGt < 1:1593155/68‑1 (MQ=255) | CTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCGGTGGGCTGGGCACGATGGGTT > minE/2498597‑2498721 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |