| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,503,875 | C→T | 23.0% | F266F (TTC→TTT) | uhpT → | hexose phosphate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,503,875 | 0 | C | T | 23.0% | 286.9 / 69.2 | 207 | F266F (TTC→TTT) | uhpT | hexose phosphate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/105); new base T (31/17); total (85/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
ATGACCAAGTGGCAGATCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAGG > minE/2503810‑2503942 | atGACCAAGTGGCAGATCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGcc > 1:456968/1‑69 (MQ=255)atGACCAAGTGGCAGATCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGcc > 1:488128/1‑69 (MQ=255) aGTGGCAGATCTTTGTTGAGTATTTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACAttt < 1:3149860/69‑1 (MQ=255) aGTGGCAGATCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACAttt < 1:967019/69‑1 (MQ=255) aGTGGCAGATCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACAttt < 1:1999918/69‑1 (MQ=255) aGTGGCAGATCTTTGTTGAGTATGTCCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACAttt < 1:2991556/69‑1 (MQ=255) gTGGCAGATCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACAttt < 1:2920534/68‑1 (MQ=255) aGATCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc < 1:3414001/68‑1 (MQ=255) aGATCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc < 1:2977586/68‑1 (MQ=255) aGATCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc < 1:2508215/68‑1 (MQ=255) aGATCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc < 1:1125657/68‑1 (MQ=255) tCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTAtg > 1:2580718/1‑69 (MQ=255) tCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTAtg > 1:2403300/1‑69 (MQ=255) tCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTAtg > 1:2363168/1‑69 (MQ=255) tCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTAtg > 1:2248814/1‑69 (MQ=255) tCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTAtg > 1:3356077/1‑69 (MQ=255) cTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc > 1:1829134/1‑64 (MQ=255) cTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc < 1:3173579/64‑1 (MQ=255) cTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc > 1:2307557/1‑64 (MQ=255) cTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc < 1:1523993/64‑1 (MQ=255) cTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc > 1:393698/1‑64 (MQ=255) cTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc > 1:613024/1‑64 (MQ=255) cTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc > 1:861272/1‑64 (MQ=255) cTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc < 1:1516854/64‑1 (MQ=255) cTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTAtgt > 1:1673119/1‑69 (MQ=255) cTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTAtgt > 1:1456423/1‑69 (MQ=255) ttgAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTAtgt < 1:3200313/64‑1 (MQ=255) ttgAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTAtgt < 1:2067491/64‑1 (MQ=255) ttgAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTgg < 1:1481145/66‑1 (MQ=255) ttgAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTgg < 1:3382664/66‑1 (MQ=255) ttgAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTgg < 1:1356175/66‑1 (MQ=255) ttgAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGt < 1:3374345/67‑1 (MQ=255) ttgAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGt < 1:2333416/67‑1 (MQ=255) ttgAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGt < 1:1575148/67‑1 (MQ=255) ttgAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGt < 1:1262205/67‑1 (MQ=255) gAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACg < 1:1816482/68‑1 (MQ=255) gAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACg < 1:3025928/68‑1 (MQ=255) aGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACg < 1:129399/67‑1 (MQ=255) tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:1536193/1‑69 (MQ=255) tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:1787686/1‑69 (MQ=255) tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:1176889/1‑69 (MQ=255) tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:1143977/1‑69 (MQ=255) tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:760296/1‑69 (MQ=255) tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:346293/1‑69 (MQ=255) tgtgCTGAAAAACAAAGTGATCTGGGTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTgg > 1:240846/1‑69 (MQ=255) tgCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc < 1:443995/50‑1 (MQ=255) tgCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGt > 1:1752182/1‑68 (MQ=255) agCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCctc > 1:3193394/2‑50 (MQ=255) cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:1036109/69‑1 (MQ=255) cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:1910069/69‑1 (MQ=255) cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:2690821/69‑1 (MQ=255) cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:658746/69‑1 (MQ=255) cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:2198987/69‑1 (MQ=255) tGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:1309171/68‑1 (MQ=255) aaaaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCg > 1:2835239/1‑67 (MQ=255) aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:1087109/68‑1 (MQ=255) aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:809999/68‑1 (MQ=255) aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:2817673/68‑1 (MQ=255) aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:840427/68‑1 (MQ=255) aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:1696249/68‑1 (MQ=255) aaaCAAAGTGATATGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:3228895/68‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:745600/69‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:1371383/69‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:1665443/69‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:2316593/69‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:212970/69‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:2112589/69‑1 (MQ=255) aCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGt > 1:645883/1‑69 (MQ=255) aCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGt > 1:504303/1‑69 (MQ=255) aCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGt > 1:446461/1‑69 (MQ=255) cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:227717/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |