| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,503,899 | A→G | 46.7% | V274V (GTA→GTG) | uhpT → | hexose phosphate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,503,899 | 0 | A | G | 46.7% | 16.6 / 145.5 | 164 | V274V (GTA→GTG) | uhpT | hexose phosphate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/59); new base G (31/45); total (59/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
GAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAGGAACTGAAACTCTCTAAAGCGG > minE/2503834‑2503963 | gAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACg < 1:3025928/68‑1 (MQ=255)gAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACg < 1:1816482/68‑1 (MQ=255) aGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACg < 1:129399/67‑1 (MQ=255) tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:1787686/1‑69 (MQ=255) tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:1143977/1‑69 (MQ=255) tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:346293/1‑69 (MQ=255) tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:2486507/1‑69 (MQ=255) tgtgCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTg > 1:2911317/1‑68 (MQ=255) tgCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGt > 1:1752182/1‑68 (MQ=255) tgCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTa > 1:2698978/1‑69 (MQ=255) tgCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTa > 1:759466/1‑69 (MQ=255) cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:1036109/69‑1 (MQ=255) cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:2198987/69‑1 (MQ=255) cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:2833673/69‑1 (MQ=255) cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:1910069/69‑1 (MQ=255) cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:242231/69‑1 (MQ=255) cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:2222666/69‑1 (MQ=255) cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:349807/69‑1 (MQ=255) tGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:1309171/68‑1 (MQ=255) tGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:762198/68‑1 (MQ=255) aaaaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCg > 1:2835239/1‑67 (MQ=255) aaaaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCg > 1:3402820/1‑67 (MQ=255) aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:1537279/68‑1 (MQ=255) aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:1696249/68‑1 (MQ=255) aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:840427/68‑1 (MQ=255) aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:1087109/68‑1 (MQ=255) aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:711904/68‑1 (MQ=255) aaaCAAAGTGATATGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:3228895/68‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:1584511/67‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:745600/69‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:1242909/69‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:1371383/69‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:2316593/69‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:1665443/69‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:212970/69‑1 (MQ=255) aCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGt > 1:645883/1‑69 (MQ=255) aCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGt > 1:504303/1‑69 (MQ=255) aCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGt > 1:446461/1‑69 (MQ=255) cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:2003996/68‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:2453599/68‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:227717/68‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:1370222/68‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:1469622/68‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:2892891/68‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:1522726/68‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:3278975/68‑1 (MQ=255) tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:2732932/65‑1 (MQ=255) tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:2403322/65‑1 (MQ=255) tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:2532247/65‑1 (MQ=255) tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:2796443/65‑1 (MQ=255) tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:881950/65‑1 (MQ=255) tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:1591896/65‑1 (MQ=255) tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:1195461/65‑1 (MQ=255) gtgCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGt > 1:1364683/1‑68 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGCCCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1044114/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTAtgcg > 1:1732989/1‑66 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTAtgcg > 1:497997/1‑66 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:2113201/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1026999/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1544483/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:2209409/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:2203091/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:609577/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1630311/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1648676/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1150319/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:168538/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1046220/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1895945/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1946329/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:779386/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:2545809/1‑67 (MQ=255) tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:2627681/1‑67 (MQ=255) agCTTTGCCAACATTATCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGAGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:857912/2‑67 (MQ=255) tCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAgg < 1:738383/69‑1 (MQ=255) tCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAgg < 1:1200581/69‑1 (MQ=255) tCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAgg < 1:1556361/69‑1 (MQ=255) tCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAgg < 1:711298/69‑1 (MQ=255) tCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAgg < 1:3067874/69‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:3207776/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:2272351/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:2067145/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:81409/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:786663/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:1957429/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:1888072/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:3173352/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:3193535/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:410972/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:3327314/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:671966/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:659306/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:332910/49‑1 (MQ=255) gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:557963/49‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |