| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,515,737 | G→T | 42.8% | T176T (ACC→ACA) | recG ← | ATP‑dependent DNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,515,737 | 0 | G | T | 42.8% | 38.6 / 62.7 | 70 | T176T (ACC→ACA) | recG | ATP‑dependent DNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/22); new base T (21/9); total (39/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGCGTCATCATTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCTTTACGCCTTCCGTT > minE/2515683‑2515803 | tAGCGTCATCATTGCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATc < 1:1363938/69‑1 (MQ=255)tAGCGTCATCATTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATc < 1:2952438/69‑1 (MQ=255)tAGCGTCATCATTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATc < 1:2292514/69‑1 (MQ=255)tAGCGTCATCATTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATc < 1:3184961/69‑1 (MQ=255)tAGCGTCATCATTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATc < 1:2760750/69‑1 (MQ=255)tAGCGTCATCATTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATc < 1:3371095/69‑1 (MQ=255) aGCGTCATCATTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATcc > 1:2680244/1‑69 (MQ=255) aGCGTCATCATTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATcc > 1:1860325/1‑69 (MQ=255) aGCGTCATCATTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATcc > 1:2708829/1‑69 (MQ=255) aGCGTCATCATTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATc < 1:413788/68‑1 (MQ=255) tcatcaTTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAgcg < 1:3205531/69‑1 (MQ=255) tcatcaTTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAgcg < 1:2651642/69‑1 (MQ=255) tcatcaTTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAgcg < 1:3277053/69‑1 (MQ=255) tcatcaTTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAgcg < 1:1796434/69‑1 (MQ=255) tcatcaTTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAgcg < 1:1799571/69‑1 (MQ=255) tcatcaTTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAgcg < 1:3189736/69‑1 (MQ=255) tcatcaTTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAgcg < 1:255829/69‑1 (MQ=255) tcatcaTTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAgcg < 1:3076341/69‑1 (MQ=255) catcatTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGGGTCGAGCAGATCCAgcg < 1:222970/68‑1 (MQ=255) atcatTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAgcggc > 1:1094213/1‑67 (MQ=255) atcatTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGcc > 1:596955/1‑69 (MQ=255) atcatTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGcc > 1:2510006/1‑69 (MQ=255) atcatTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGcc > 1:1262792/1‑69 (MQ=255) atcatTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGcc > 1:1266897/1‑69 (MQ=255) tCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTaa < 1:734876/62‑1 (MQ=255) tCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTaa < 1:2629754/62‑1 (MQ=255) tCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTaa < 1:370684/62‑1 (MQ=255) tCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTaa < 1:208087/62‑1 (MQ=255) tCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGc > 1:1365771/1‑69 (MQ=255) tCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGc > 1:2497656/1‑69 (MQ=255) tCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGc > 1:641761/1‑69 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCa > 1:1730413/1‑66 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAg > 1:1427337/1‑67 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAg > 1:1624292/1‑67 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAg > 1:1678385/1‑67 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAg > 1:1156877/1‑67 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAg > 1:696374/1‑67 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAg > 1:2548493/1‑67 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAg > 1:2544854/1‑67 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAg > 1:3391392/1‑67 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAg > 1:366760/1‑67 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAg > 1:2038530/1‑67 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAg > 1:2262852/1‑67 (MQ=255) gcggcAGGAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAg > 1:570582/1‑67 (MQ=255) ggAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTAGCCt > 1:873657/1‑69 (MQ=255) ggAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTAGCCt > 1:391447/1‑69 (MQ=255) ggAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTAGCCt > 1:99576/1‑69 (MQ=255) ggAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTAGCCt > 1:2141473/1‑69 (MQ=255) ggAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTAGCCt > 1:2873542/1‑69 (MQ=255) ggAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTAGCCt > 1:2701451/1‑69 (MQ=255) ggAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTAGCCt > 1:2224578/1‑69 (MQ=255) ggAGTTCTTCAATGGCGCATGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTAGCCt > 1:263862/1‑69 (MQ=255) gAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTg < 1:2370085/69‑1 (MQ=255) ttcttcAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCtt < 1:2567531/69‑1 (MQ=255) ttcttcAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCtt < 1:525541/69‑1 (MQ=255) cttcAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTg < 1:19880/64‑1 (MQ=255) cttcAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTg < 1:213799/64‑1 (MQ=255) cttcAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTg < 1:1793143/64‑1 (MQ=255) cttcAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTg < 1:2269102/64‑1 (MQ=255) cttcAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTg < 1:1402567/64‑1 (MQ=255) aTGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCTTTACg < 1:2919515/66‑1 (MQ=255) gcgcAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCTTTACGCCTTcc > 1:1355729/1‑69 (MQ=255) gcgcAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCTTTACGCCTTcc > 1:2063082/1‑69 (MQ=255) gcgcAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCTTTACGCCTTcc > 1:2929139/1‑69 (MQ=255) gcgcAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCTTTACGCCTTcc > 1:3423690/1‑69 (MQ=255) gcgcAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCTTTACGCCTTcc > 1:2537795/1‑69 (MQ=255) gcgcAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCTTTACGCCTTcc > 1:3327558/1‑69 (MQ=255) gcgcAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCTTTACGCCTTcc > 1:3201633/1‑69 (MQ=255) gcAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCTTTACGCCTTCCgt < 1:2497911/69‑1 (MQ=255) aGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGGCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCTTTACGCCTTCCgtt < 1:3261779/68‑1 (MQ=255) | TAGCGTCATCATTCCTTGTGACAGTTCCGGCGGCAGGAGTTCTTCAATGGCGCAGGTGTCGAGCAGATCCAGCGCCTGGTCGGTTAATTTACGCAGCGTGGCCTGCTTTACGCCTTCCGTT > minE/2515683‑2515803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |