| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,546,910 | G→A | 34.6% | N193N (AAC→AAT) | rfaD ← | ADP‑L‑glycero‑D‑mannoheptose‑6‑epimerase, NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,546,910 | 0 | G | A | 34.6% | 53.5 / 38.1 | 72 | N193N (AAC→AAT) | rfaD | ADP‑L‑glycero‑D‑mannoheptose‑6‑epimerase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/27); new base A (10/15); total (30/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACATAGACGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCTTCACGCGGT > minE/2546848‑2546973 | acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGCACAGCTTCGTTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:2644744/1‑69 (MQ=255)acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:2931793/1‑69 (MQ=255)acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:2805105/1‑69 (MQ=255)acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:2687839/1‑69 (MQ=255)acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:1221655/1‑69 (MQ=255)acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:708232/1‑69 (MQ=255)acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:1758380/1‑69 (MQ=255)acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:173000/1‑69 (MQ=255)acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:1368520/1‑69 (MQ=255)acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:1680946/1‑69 (MQ=255) gACGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGgt > 1:143094/1‑69 (MQ=255) gACGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGgt > 1:1530403/1‑69 (MQ=255) aCGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGgtg > 1:513092/1‑69 (MQ=255) aCGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGgtg > 1:2411201/1‑69 (MQ=255) aCGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGgtg > 1:2580595/1‑69 (MQ=255) aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:236255/69‑1 (MQ=255) aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:45368/69‑1 (MQ=255) aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:47507/69‑1 (MQ=255) aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:266812/69‑1 (MQ=255) aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:2004454/69‑1 (MQ=255) aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:3163723/69‑1 (MQ=255) aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:2974501/69‑1 (MQ=255) aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:1024871/69‑1 (MQ=255) aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:891676/69‑1 (MQ=255) aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:843752/69‑1 (MQ=255) aGTCGCGTTTGAAGTTCACGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:1700018/69‑1 (MQ=255) tGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTaa > 1:1849998/1‑48 (MQ=255) tGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTaa > 1:1909616/1‑48 (MQ=255) tGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTaa > 1:1201891/1‑48 (MQ=255) tGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTaa > 1:3368365/1‑48 (MQ=255) ctcGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:3061702/53‑1 (MQ=255) ctcGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACg > 1:828937/1‑67 (MQ=255) ctcGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGc > 1:1248025/1‑68 (MQ=255) ctcGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGc > 1:3254300/1‑68 (MQ=255) ctcGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCt > 1:642742/1‑69 (MQ=255) ctcGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCt > 1:1596099/1‑69 (MQ=255) tACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGc < 1:2099632/67‑1 (MQ=255) tACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGc < 1:1738867/67‑1 (MQ=255) ttCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCAtgct > 1:722748/1‑69 (MQ=255) ttCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCAtgct > 1:445348/1‑69 (MQ=255) ttCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCAtgct > 1:2841448/1‑69 (MQ=255) ttCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCAtgc > 1:1787756/1‑68 (MQ=255) aCAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:769509/69‑1 (MQ=255) aCAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:413532/69‑1 (MQ=255) aCAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:1980946/69‑1 (MQ=255) aCAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:3028612/69‑1 (MQ=255) aCAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCCCCATGCTGCCtt < 1:946757/69‑1 (MQ=255) cAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCttt > 1:1803785/1‑69 (MQ=255) aGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:1157090/67‑1 (MQ=255) aGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:2968677/67‑1 (MQ=255) aGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:2038675/67‑1 (MQ=255) aGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:230216/67‑1 (MQ=255) ttCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATgg > 1:1049595/1‑69 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGATATgg < 1:1886239/38‑1 (MQ=38) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:2537929/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:2765391/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:931310/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:3105235/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:128493/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:1285580/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:771816/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:1291612/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:618007/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:3124326/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:2032610/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:3206820/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:2305217/38‑1 (MQ=255) tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:2538287/38‑1 (MQ=255) tGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCtt < 1:1789332/68‑1 (MQ=255) tGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCtc < 1:3118856/68‑2 (MQ=255) cGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCTTCACGCGGt < 1:1443678/68‑1 (MQ=255) cGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCTTCACGCGGt < 1:9404/68‑1 (MQ=255) gttgttAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCTTCACGCGGt < 1:2674613/67‑1 (MQ=255) | ACATAGACGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCTTCACGCGGT > minE/2546848‑2546973 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |