| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,551,684 | A→G | 51.2% | E97E (GAA→GAG) | yibD → | predicted glycosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,551,684 | 0 | A | G | 51.2% | 6.2 / 115.9 | 129 | E97E (GAA→GAG) | yibD | predicted glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/38); new base G (38/28); total (63/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.30e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GCGCGTAATCGTGGGATTGAAGTGGCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGGACGACCTCGACGTGGCGCAG > minE/2551619‑2551750 | gcgcGTAATCGTGGGATTGAAGTGGCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:3400281/69‑1 (MQ=255)gcgcGTAATCGTGGGATTGAAGTGGCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:2848704/69‑1 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaaa > 1:1054263/1‑69 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaaa > 1:823367/1‑69 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaaa > 1:301661/1‑69 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaaa > 1:2792118/1‑69 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaaa > 1:2646307/1‑69 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaaa > 1:2569854/1‑69 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaaa > 1:2252834/1‑69 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaaa > 1:2200924/1‑69 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaaa > 1:1243912/1‑69 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaaa > 1:1233291/1‑69 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaaa > 1:1051977/1‑69 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaa > 1:2058892/1‑68 (MQ=255) aaGTGGCAACGGGAAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGaa > 1:2881817/1‑68 (MQ=255) tGGCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAAc > 1:2528599/1‑67 (MQ=255) tGGCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACg > 1:2190972/1‑68 (MQ=255) ggCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCt < 1:2483499/69‑1 (MQ=255) ggCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCt < 1:36192/69‑1 (MQ=255) ggCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCt < 1:2145043/69‑1 (MQ=255) ggCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCt < 1:3133803/69‑1 (MQ=255) ggCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCt < 1:2646666/69‑1 (MQ=255) ggCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCt < 1:1135565/69‑1 (MQ=255) gCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:1373979/45‑1 (MQ=255) gCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:946619/45‑1 (MQ=255) gCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:2582592/45‑1 (MQ=255) gCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:2969995/45‑1 (MQ=255) gCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:1076649/45‑1 (MQ=255) gCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:1067466/45‑1 (MQ=255) gCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:381598/45‑1 (MQ=255) gCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:696165/45‑1 (MQ=255) gCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:811601/45‑1 (MQ=255) gCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:1974323/45‑1 (MQ=255) gCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTc < 1:2027962/45‑1 (MQ=255) cAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCtg < 1:1518111/68‑1 (MQ=255) aaCGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCtgat < 1:2444638/69‑1 (MQ=255) aaCGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCtgat < 1:2902768/69‑1 (MQ=255) gggCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGAc < 1:2801579/69‑1 (MQ=255) gggCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGAc < 1:1999067/69‑1 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCTATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:3241447/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCccac > 1:852730/1‑41 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:1843996/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:289795/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:2225858/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:3210853/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:422689/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:57065/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:762812/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:825379/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:1374436/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:1119970/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:2637824/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:2148759/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:2334168/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:237555/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:418890/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:374166/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:499446/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:3394330/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:696143/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:254688/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:1160811/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:791160/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:2271697/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:2915555/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:940707/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:1112340/1‑68 (MQ=255) tatGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGc > 1:119165/1‑68 (MQ=255) tatGTAGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACAATGTACGaaa > 1:1399172/1‑52 (MQ=39) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACTAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:1891474/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:2420532/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:163316/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:593762/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:857690/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:524072/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:49231/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:2491482/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:2764047/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:3067318/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:2844763/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:1960301/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:2940864/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:3006589/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:3155983/69‑1 (MQ=255) ttttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:3308462/69‑1 (MQ=255) tttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:1942363/68‑1 (MQ=255) tttGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGgac < 1:7075/69‑1 (MQ=255) tttGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGgac < 1:1801921/69‑1 (MQ=255) tttGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGgac < 1:853604/69‑1 (MQ=255) tttGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGgac < 1:2575141/69‑1 (MQ=255) tttGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGgac < 1:873047/69‑1 (MQ=255) ttGTCGATGCTGACGATGAGGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGga < 1:2120757/67‑1 (MQ=255) gTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGgacg < 1:889128/67‑1 (MQ=255) cGATGCTGACGATGAAGTCTAACCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGgacg < 1:1905726/65‑1 (MQ=255) gAAGTCTATCCGACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGGACGACCTCGACGTGGCGCAg > 1:1657825/1‑69 (MQ=255) gAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGGACGACCTCGACGTGGCGCAg > 1:3329175/1‑69 (MQ=255) gAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGGACGACCTCGACGTGGCGCAg > 1:3333463/1‑69 (MQ=255) gAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGGACGACCTCGACGTGGCGCAg > 1:3097189/1‑69 (MQ=255) gAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGGACGACCTCGACGTGGCGCAg > 1:399023/1‑69 (MQ=255) gAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGGACGACCTCGACGTGGCGCAg > 1:37498/1‑69 (MQ=255) | GCGCGTAATCGTGGGATTGAAGTGGCAACGGGCAAATATGTCGCTTTTGTCGATGCTGACGATGAAGTCTATCCCACCATGTACGAAACGCTGATGACCATGGCGTTAGAGGACGACCTCGACGTGGCGCAG > minE/2551619‑2551750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |