| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,552,329 | C→G | 31.5% | V312V (GTC→GTG) | yibD → | predicted glycosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,552,329 | 0 | C | G | 31.5% | 83.4 / 50.1 | 73 | V312V (GTC→GTG) | yibD | predicted glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/24); new base G (20/3); total (46/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGATATTTACTTCCGGTATGTATAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGC > minE/2552270‑2552390 | gagaTATTTACTTCCGGTATGTATAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAg > 1:1199714/1‑69 (MQ=255)gagaTATTTACTTCCGGTATGTATAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAg > 1:1334375/1‑69 (MQ=255)gagaTATTTACTTCCGGTATGTATAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAg > 1:2729931/1‑69 (MQ=255)gagaTATTTACTTCCGGTATGTATAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAg > 1:1865825/1‑69 (MQ=255) atatTTACTTCCGGTATGTATAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGc < 1:2593541/68‑1 (MQ=255) atatTTACTTCCGGTATGTATAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGc < 1:2929346/68‑1 (MQ=255) atatTTACTTCCGGTATGTATAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGc < 1:1754368/68‑1 (MQ=255) gtatgtatAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTTAAGGTCGGTTACGAGGCGTTACTGTGGTCt < 1:620681/68‑1 (MQ=255) gtatgtatAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCt < 1:2580655/68‑1 (MQ=255) tgtatAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTcc > 1:902197/1‑69 (MQ=255) tgtatAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTcc > 1:1445697/1‑69 (MQ=255) tataAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGtt < 1:94176/43‑1 (MQ=255) tataAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGtt < 1:26838/43‑1 (MQ=255) tataAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGtt < 1:2951179/43‑1 (MQ=255) tataAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGtt < 1:2965016/43‑1 (MQ=255) tataAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTcc > 1:2474142/1‑67 (MQ=255) tataAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCg > 1:1705708/1‑68 (MQ=255) tataAGCGCCTGATTACCAATGTGCCCAGCGTGAAGGTCGGtt < 1:703548/43‑1 (MQ=255) taAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCtt > 1:2797702/1‑69 (MQ=255) taAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCtt > 1:1083633/1‑69 (MQ=255) taAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCtt > 1:930322/1‑69 (MQ=255) taAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCtt > 1:2322070/1‑69 (MQ=255) taAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCtt > 1:71652/1‑69 (MQ=255) taAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCt < 1:1497322/68‑1 (MQ=255) taAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCt < 1:1398864/68‑1 (MQ=255) taAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCt > 1:2301096/1‑68 (MQ=255) taAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCt < 1:2683922/68‑1 (MQ=255) taAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACAAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCt > 1:281408/1‑68 (MQ=255) aGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGt > 1:3352924/1‑48 (MQ=255) aGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTAt > 1:773476/1‑69 (MQ=255) aGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTAt > 1:3070527/1‑69 (MQ=255) aGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTAt > 1:778900/1‑69 (MQ=255) aGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTAt > 1:705862/1‑69 (MQ=255) aGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTAt > 1:2616111/1‑69 (MQ=255) aGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTAt > 1:1989106/1‑69 (MQ=255) aGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTAt > 1:2069017/1‑69 (MQ=255) aGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTAt > 1:1359240/1‑69 (MQ=255) aGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGATACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTAt > 1:2119838/1‑69 (MQ=255) gcCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGc < 1:1810359/69‑1 (MQ=255) gcCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGGCTTTCCGCTTATGGc < 1:2847177/69‑1 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTa > 1:2767569/1‑36 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGc > 1:2386387/1‑61 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCtt > 1:2303895/1‑63 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCtt > 1:1559878/1‑63 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:622945/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:519380/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:575157/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:1807435/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:2390429/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:867866/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:113404/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:979164/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:10372/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:30666/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:2127181/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:264190/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:3162306/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACCAGGCGATACTGTGGTCTTTCCGCTTa > 1:2158284/1‑64 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTGGGTTACAAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCtt > 1:908983/1‑63 (MQ=255) ccTGATTACCAATGTGCGCAGCGTCAAGGTGGGTTACCAGGCGTTACTGTTGTCTTTCCGCTTa > 1:710150/1‑64 (MQ=255) ttACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACtgtg > 1:1266639/1‑46 (MQ=255) gTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCt < 1:1402934/40‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGGTTACCGGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGc < 1:2419106/69‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGc < 1:159793/69‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGc < 1:1309329/69‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGc < 1:2662479/69‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGc < 1:1679401/69‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGc < 1:2148172/69‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGc < 1:2925790/69‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGc < 1:2081044/69‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGc < 1:466992/69‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGc < 1:3236169/69‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGc < 1:3232250/69‑1 (MQ=255) | GAGATATTTACTTCCGGTATGTATAAGCGCCTGATTACCAATGTGCGCAGCGTGAAGGTCGGTTACCAGGCGTTACTGTGGTCTTTCCGCTTATGGCAATGGCGCGACAAAACGCGGTCGC > minE/2552270‑2552390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |