| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,575,876 | T→C | 59.1% | N517N (AAT→AAC) | glyS → | glycine tRNA synthetase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,575,876 | 0 | T | C | 59.1% | 23.7 / 41.1 | 61 | N517N (AAT→AAC) | glyS | glycine tRNA synthetase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/11); new base C (16/20); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
CCTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCA > minE/2575816‑2575935 | ccTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGt < 1:2903743/69‑1 (MQ=255)ccTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGt < 1:1557292/69‑1 (MQ=255) cTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGt < 1:1800849/68‑1 (MQ=255) cTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGt < 1:2425691/68‑1 (MQ=255) cTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTa > 1:603254/1‑69 (MQ=255) tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:204046/68‑1 (MQ=255) tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:1582012/68‑1 (MQ=255) tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:538395/68‑1 (MQ=255) tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:3392923/68‑1 (MQ=255) tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:3192420/68‑1 (MQ=255) tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:3031469/68‑1 (MQ=255) cAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTgatgat > 1:522237/1‑69 (MQ=255) cAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTgatgat > 1:2284143/1‑69 (MQ=255) cAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTgatgat > 1:2162804/1‑69 (MQ=255) tGACTGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGt > 1:1805273/1‑55 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTAt > 1:997117/1‑67 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2803865/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1091088/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2705100/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2555740/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2331240/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:947011/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2878658/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1966772/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1953432/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1852396/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:3062503/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:3384117/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:97867/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:675554/1‑68 (MQ=255) ccGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:1238307/54‑1 (MQ=255) tGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTcc > 1:1689922/1‑69 (MQ=255) tGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTcc > 1:1628033/1‑69 (MQ=255) tGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTcc > 1:2709387/1‑69 (MQ=255) gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:2349632/1‑60 (MQ=255) gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:156449/1‑60 (MQ=255) gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:306422/1‑60 (MQ=255) gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:887786/1‑60 (MQ=255) gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCt > 1:503611/1‑69 (MQ=255) gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCt > 1:1783331/1‑69 (MQ=255) gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCt > 1:1990777/1‑69 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTTGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1866973/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATTCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2567687/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATct < 1:1747685/68‑2 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATct < 1:1743845/68‑2 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1492207/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:632058/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:944810/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1373532/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1351693/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1304114/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1696816/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1834727/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:3024256/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1967913/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2145304/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2617712/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2198278/68‑1 (MQ=255) tGACTAACGCCTACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTAGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:3147531/67‑1 (MQ=255) tGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:366804/67‑1 (MQ=255) tGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2339062/67‑1 (MQ=255) | CCTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCA > minE/2575816‑2575935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |