| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,585,696 | A→G | 46.6% | D527D (GAT→GAC) | mdtF ← | multidrug transporter, RpoS‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,585,696 | 0 | A | G | 46.6% | 15.2 / 115.4 | 131 | D527D (GAT→GAC) | mdtF | multidrug transporter, RpoS‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/51); new base G (44/17); total (63/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CCGGCGCAAATCAGCAGGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGATTTTTCAAACAGCGTGTTGAAGCGTGCGAACAGGGCGTTAGGTTTGTG > minE/2585631‑2585764 | ccGGCGCAAATCAGCAGGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATc > 1:519432/1‑68 (MQ=255) ggCGCAAATCAGCAGGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCgg < 1:3338369/68‑1 (MQ=255) ggCGCAAATCAGCAGGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCgg < 1:2435536/68‑1 (MQ=255) ggCGCAAATCAGCAGGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCgg < 1:2422421/68‑1 (MQ=255) ggCGCAAATCAGCAGGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCgg < 1:2326128/68‑1 (MQ=255) ggCGCAAATCAGCAGGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCgg < 1:2226538/68‑1 (MQ=255) tCAGCAGGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAgt < 1:2303448/66‑1 (MQ=255) cagcagGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTgttg > 1:1039542/1‑69 (MQ=255) cagcagGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTgttg > 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ccaccaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGAttt < 1:263789/67‑1 (MQ=255) caccaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGAttttt > 1:314046/1‑68 (MQ=255) caccaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGAttttt > 1:2589061/1‑68 (MQ=255) caccaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGAttttt > 1:2228773/1‑68 (MQ=255) caccaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGAttttt > 1:1019832/1‑68 (MQ=255) caccaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGAttttt > 1:15275/1‑68 (MQ=255) accaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGATTTTTCa > 1:3175962/1‑69 (MQ=255) accaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGATTTTTCa > 1:149501/1‑69 (MQ=255) accaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGATTTTTCa > 1:3233319/1‑69 (MQ=255) accaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGATTTTTCa > 1:2385676/1‑69 (MQ=255) 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accaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGATGAGTTGATTTTTc > 1:2816175/1‑68 (MQ=255) accaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGATTTTTCa < 1:1417815/69‑1 (MQ=255) accaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGATTTTTCa < 1:1894270/69‑1 (MQ=255) accaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGATTTTTCa < 1:695390/69‑1 (MQ=255) accaTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGAGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGATTTTTCa > 1:3287023/1‑69 (MQ=255) aTGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGAttt < 1:2619586/62‑1 (MQ=255) aCAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTgttg < 1:556049/39‑1 (MQ=255) aCAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTgttg < 1:1204608/39‑1 (MQ=255) aCAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTgttg < 1:2753631/39‑1 (MQ=255) aCAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTgttg < 1:1558680/39‑1 (MQ=255) aCAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTgttg < 1:49541/39‑1 (MQ=255) aCAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGATTTTTCAAACAGCGTGTTGAAGCg < 1:660097/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |