| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 222,888 | T→C | 26.8% | I174I (ATT→ATC) | lpcA → | D‑sedoheptulose 7‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 222,888 | 0 | T | C | 26.8% | 71.0 / 25.3 | 67 | I174I (ATT→ATC) | lpcA | D‑sedoheptulose 7‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/12); new base C (5/13); total (42/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.68e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
GATATCGAAATTCGCGTACCGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCG > minE/222835‑222953 | gATATCGAAATTCGCGTACCGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATc < 1:1954982/69‑1 (MQ=255) atatCGAAATTCGCGTACCGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATcc < 1:2026762/69‑1 (MQ=255) atatCGAAATTCGCGTACCGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATcc < 1:3056357/69‑1 (MQ=255) atatCGAAATTCGCGTACCGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATcc < 1:3081691/69‑1 (MQ=255) atatCGAAATTCGCGTACCGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATcc < 1:1715040/69‑1 (MQ=255) tatCGAAATTCGCGTACCGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAAATTCACATTAAAGTGATcc < 1:1259601/68‑1 (MQ=255) atCGAAATTCGCGTACCGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCat > 1:3244410/1‑69 (MQ=255) gAAATTCGCGTACCGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATc > 1:1874761/1‑69 (MQ=255) ccGCACTTTGGTTATGCCGCCCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGttg > 1:913330/1‑69 (MQ=255) ccGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGttg > 1:305386/1‑69 (MQ=255) ccGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGttg > 1:2849900/1‑69 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:253358/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:2512284/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:2752021/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:2442194/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:2904575/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:3386078/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:3400884/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:2130265/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:2057716/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:199497/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:631941/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:725279/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:1538554/69‑1 (MQ=255) ttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCTCATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGaaa < 1:2226807/69‑1 (MQ=255) tATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAaga < 1:443875/68‑1 (MQ=255) aTGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATcc < 1:421512/39‑1 (MQ=255) aTGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAgaga > 1:806770/1‑69 (MQ=255) aTGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAgaga > 1:660211/1‑69 (MQ=255) aTGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAgaga > 1:2719905/1‑69 (MQ=255) aTGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGATAATTGAAAAAgaga > 1:3174785/1‑69 (MQ=255) aTGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATAAAAGTGATCCATATCCTGATACAGttaat > 1:2175909/1‑58 (MQ=255) gCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTtaagt < 1:1928749/69‑1 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTtaagtaagat > 1:710772/1‑67 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTtaa > 1:2702265/1‑62 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTtaa > 1:3165448/1‑62 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTtaa > 1:458171/1‑62 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTtaa > 1:3431870/1‑62 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTtaa > 1:1060319/1‑62 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTtaa > 1:1578646/1‑62 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTtaa > 1:1740832/1‑62 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTaagtaagt > 1:440150/1‑68 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTc > 1:2336775/1‑69 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTc > 1:803754/1‑69 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTc > 1:45739/1‑69 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTc > 1:2933291/1‑69 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTc > 1:2411760/1‑69 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTc > 1:2487980/1‑69 (MQ=255) cAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTc > 1:3115776/1‑69 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAaga > 1:3318739/1‑49 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:3007163/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:106620/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:1012685/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:1414966/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:1481242/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:2636427/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:1712489/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:2601754/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:2039083/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:3141351/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:206349/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:2147134/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:2583744/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:2577965/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:3263733/1‑68 (MQ=255) gaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCg < 1:819745/69‑1 (MQ=255) gaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCg < 1:3246836/69‑1 (MQ=255) | GATATCGAAATTCGCGTACCGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCG > minE/222835‑222953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |