| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,585,708 | T→C | 50.1% | Q523Q (CAA→CAG) | mdtF ← | multidrug transporter, RpoS‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,585,708 | 0 | T | C | 50.1% | ‑1.4 / 111.0 | 121 | Q523Q (CAA→CAG) | mdtF | multidrug transporter, RpoS‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/45); new base C (43/17); total (59/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
CAGCAGGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGATTTTTCAAACAGCGTGTTGAAGCGTGCGAACAGGGCGTTAGGTTTGTGACCGCCTTCCGG > minE/2585642‑2585776 | cagcagGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTgttg > 1:1039542/1‑69 (MQ=255)cagcagGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTgttg > 1:2038962/1‑69 (MQ=255)cagcagGTAGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTgttg > 1:1757085/1‑69 (MQ=255) aGACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGAtt > 1:1429714/1‑69 (MQ=255) gACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGAttt < 1:241305/69‑1 (MQ=255) gACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGAttt < 1:2048115/69‑1 (MQ=255) gACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGAttt < 1:1494165/69‑1 (MQ=255) gACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGAttt < 1:3313990/69‑1 (MQ=255) gACCACCATGTAGCGACCGGTACAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGAttt < 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< 1:556049/39‑1 (MQ=255) aCAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGATTTTTCAAACAGCGTGTTGAAGCg < 1:670443/69‑1 (MQ=255) aCAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGATTTTTCAAACAGCGTGTTGAAGCg < 1:1678190/69‑1 (MQ=255) aCAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGATTTTTCAAACAGCGTGTTGAAGCg < 1:1642614/69‑1 (MQ=255) aCAACGCAACAGCGAGCGGGTGCTATCGGTATAGTGTTGAGTTGATTTTTCAAACAGCGTGTTGAAGCg < 1:378777/69‑1 (MQ=255) aCGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTTAttt < 1:2509028/45‑1 (MQ=37) cGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGATTTTTCAAACAGCGTGTTGAAGCGTGc > 1:3207072/1‑68 (MQ=255) cGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGATTTTTCAAACAGCGTGTTGAAGCGTGCg > 1:1361021/1‑69 (MQ=255) cGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGATTTTTCAAACAGCGTGTTGAAGCGTGCg > 1:510139/1‑69 (MQ=255) cGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGATTTTTCAAACAGCGTGTTGAAGCGTGCg > 1:2265525/1‑69 (MQ=255) cGCAACAGCGAGCGGGTGCTGTCGGTATAGTGCTGAGTTGATTTTTCAAACAGCGTGTTGAAGCGTGCg > 1:3136230/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |