| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,588,902 | A→G | 30.1% | N141N (AAT→AAC) | gadE ← | DNA‑binding transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,588,902 | 0 | A | G | 30.1% | 107.4 / 55.6 | 116 | N141N (AAT→AAC) | gadE | DNA‑binding transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/57); new base G (8/27); total (32/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
TCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAT > minE/2588835‑2588969 | tCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAata < 1:2527415/68‑1 (MQ=255)tCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAata < 1:2746143/68‑1 (MQ=255)tCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAata < 1:339221/68‑1 (MQ=255) cATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAata < 1:2510040/67‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTg < 1:1891374/67‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTg < 1:2062896/67‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTg < 1:1746370/67‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTg < 1:2311292/67‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTg < 1:2553746/67‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTg < 1:1583759/67‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTg < 1:1406605/67‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTg < 1:3169343/67‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTg < 1:3295554/67‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTg < 1:794265/67‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAg < 1:2275720/69‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAg < 1:2734239/69‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAg < 1:695639/69‑1 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGAGAAATATTg < 1:2599769/67‑1 (MQ=255) cGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGa > 1:1738351/1‑67 (MQ=255) cGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGc > 1:3423825/1‑69 (MQ=255) cGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGc > 1:1067800/1‑69 (MQ=255) cGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGc > 1:546648/1‑69 (MQ=255) cGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGc > 1:1859850/1‑69 (MQ=255) cGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGc > 1:906530/1‑69 (MQ=255) cGTCATAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGc > 1:1942355/1‑69 (MQ=255) ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCg > 1:1440101/1‑69 (MQ=255) ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCg > 1:1433840/1‑69 (MQ=255) ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCg > 1:2894780/1‑69 (MQ=255) ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCg > 1:1058316/1‑69 (MQ=255) ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCg > 1:2008389/1‑69 (MQ=255) ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCg > 1:925478/1‑69 (MQ=255) ttAATTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGttg < 1:1045684/69‑3 (MQ=255) ttAATTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGttg < 1:2170305/69‑3 (MQ=255) ttAATTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGttg < 1:643357/69‑3 (MQ=255) ttAATTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGttg < 1:27008/69‑3 (MQ=255) ttAATTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGttg < 1:3384923/69‑3 (MQ=255) ttAATTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGttg < 1:1238100/69‑3 (MQ=255) ttAATTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGttg < 1:1276739/69‑3 (MQ=255) ttAATTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGttg < 1:1820989/69‑3 (MQ=255) ttAATTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGttg < 1:1520889/69‑3 (MQ=255) ttAATTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGttg < 1:1647829/69‑3 (MQ=255) ttAATTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGttg < 1:1721028/69‑3 (MQ=255) ttAATTTCAGATTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGttg < 1:1009978/69‑3 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:3360574/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:1304467/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:3134319/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:746878/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:2480216/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:2270225/66‑1 (MQ=255) tCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGa < 1:1586551/69‑1 (MQ=255) cTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATAtt < 1:66/69‑1 (MQ=255) cTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATAtt < 1:134675/69‑1 (MQ=255) cTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATAtt < 1:1517379/69‑1 (MQ=255) ttGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATAtt < 1:2384552/68‑1 (MQ=255) tGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGTAATATTGAGCGTc < 1:1106103/56‑1 (MQ=255) tGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTc < 1:1316983/56‑1 (MQ=255) tGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTc < 1:1215392/56‑1 (MQ=255) cATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGa < 1:2788357/59‑1 (MQ=255) cATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGa < 1:2898030/59‑1 (MQ=255) cATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTACGAAATATTGAGCGTCGACGTGa < 1:2009462/59‑1 (MQ=255) aaTGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCTAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCatt > 1:2440647/1‑69 (MQ=255) aaTGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCatt > 1:1870015/1‑69 (MQ=255) gTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCattttt > 1:2580484/1‑69 (MQ=255) gTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCattttt > 1:613254/1‑69 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:3276901/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:3284099/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:3414034/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:170344/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:28309/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:3354376/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:1768463/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:2667090/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCattttta > 1:2155580/1‑69 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCattttta > 1:3139826/1‑69 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCattttta > 1:3194242/1‑69 (MQ=255) tCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATc < 1:2469817/68‑1 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtt > 1:1830642/1‑69 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtt > 1:1219670/1‑69 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtt > 1:668581/1‑69 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtt > 1:1498226/1‑69 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtt > 1:1206429/1‑69 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAt > 1:1199488/1‑68 (MQ=255) aaaTATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACt < 1:1106174/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTTTTTTTc < 1:443146/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:975617/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:1723827/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:2239414/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:2237371/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:1784503/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:1893281/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:3326101/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:2980185/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:2969549/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:2543220/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:2528953/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:2101244/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:807879/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:1938745/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGGCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:2383143/41‑1 (MQ=255) atTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:1499832/40‑1 (MQ=255) | TCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAT > minE/2588835‑2588969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |